最后，在一九九○年的二月二十七日，邓小平、杨尚昆、李鹏、万里接见参加最后一次《基本法》草委会全体会议的成员的当天，《基本法》通过，几年的政制方案纷争终于尘埃落定。
查良镛说：“我觉得自己问心无愧！”一九八九年（六十五岁），查良镛宣布辞去基本法草委、咨委职务，并在《明报》创刊三十周年庆的祝茶会上，宣布卸下社长职务，下定决心淡出江湖。
五月三十日，查良镛卸任《明报》社长职务，只担任明报集团有限公司董事长。
一九九一年三月二十二日，明报企业挂牌上市，查良镛的持股量从80％减少为65％。
把明报企业推向市场，表明查良镛逐渐告别《明报》的决心。
在他宣布退休时，十多个财团上门要求收购《明报》。
但是，查良镛却选择了一家出价较低的公司，让一个三十出头的年轻人当《明报》掌门人。
他和于品海联合宣布：由智才管理顾问公司技术性收购明报企业。
这，让很多人都觉得不可理解。
一九九二年，六十八岁的查良镛赴英国牛津大学做访问学者，并于牛津近代中国研究中心主持讲座，做《香港与中国：一九九七年及其后五年》的演讲。
其间寄寓的牛津大学城，环境清幽，学术空气浓厚。
奔波劳碌了几十年的查良镛，终于找到一处像圣地那样清幽的地方，酬其一贯神驰的“牛剑”之情。
这一年里，他还回乡寻师访友，为嘉兴市捐建“金庸图书馆”，获得了加拿大毕（卑）诗省省立大学名誉博士的荣衔。
一九九二年年底，新上任的港督彭定康又抛出一份“政改方案”，引发中、英新一轮政治风波，中方将彭定康视为“香港的千古罪人”。
查良镛对香港将来政治制度的一贯主张，从未改变过。
他忍不住再次“重出江湖”，笔战彭定康……一九九三年，六十九岁的查良镛发表《功能选举的突变》长文。
还是这年的四月一日，查良镛宣布辞去明报企业有限公司董事局主席的职务，改任名誉主席，并在《明报》发表《第三个和第四个理想》一文，确定“退休”一事。
多年来一步步“淡出江湖”的“金大侠”，这次可谓一退到底，退得干干净净。
从此，他将不再拥有曾给他带来财富和荣耀的《明报》。
一九九四年，香港中文大学出版金庸武侠小说的第一部英译本《foxvolantofthesnowymountain》（《雪山飞狐》），查良镛也正式授权给北京三联书店出版《金庸作品集》大陆简体字版。
在本年出版的《二十世纪中国文学大师文库》中，将金庸列为本世纪中国小说家第四位。
他还被授予北京大学名誉教授，获选英国牛津大学两所学院之荣誉院士。
一九九五年，香港明河社星马分公司出版《金庸作品集》东南亚简体字版。
后一年，日本德间出版社取得版权，正式开始翻译刊行《金庸武侠小说集》。
一九九七年，《中国时报》浮世绘版“金庸茶馆”专栏开张，查良镛也举行了个人在台的第一场公开演讲，主讲《历史人物与武侠人物》。
同年七月，香港回归中国大陆，他在《明报》上发表《河水井水互不相犯——写在回归第一日》一文。
该年十月，香港牛津大学出版社出版英译本《thedeerandthecauldron》（《鹿鼎记》）第一册。
一九九八年五月中旬，美国科罗拉多大学东亚语言文学系和中国现代文化研究所召开“金庸小说与二十世纪中国文学”国际学术讨论会，各国四十余位学者赴会或提交论文。
该年度中，查良镛获香港政府市政局颁授“文学创作终身成就奖”，而香港（及海外）文学艺术协会以最高之“当代文豪金龙奖”授予巴金、冰心、金庸三人；日本“潮”出版社、香港明河社、北京大学出版社、台北远流出版公司分别出版了金庸与日本创价学会会长池田大作的对话录，即《探求一个灿烂的世纪》一书。
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