光绪十一年（1885年）底，阎敬明上调军机处后，他的接任者是翁同龢。刘铭传继续打报告争取经费支持，同样空言往返，未见分文。更要命的是，户部不给钱就算了，反而通过对台湾全年的财政审计，查出台湾有三大项收入没有上报。这三项收入是人丁税、额定征粮和海防捐银，计有六十多万两。他们对刘铭传说，你不是说没钱吗？这钱哪去了？如办防需要，这笔钱可以急用啊!
这一来，刘铭传被狠狠将了一军。其实，这笔钱早被刘铭传花光了。台湾围困期间，他向当地士绅借了一笔钱，讲好了战后归还，包括补偿和奖励，约为三十多万两；还有战后台湾裁军四十营。这些官兵退伍后需要补发饷银、支放军米等，这笔钱也要三十多万两。可刘铭传当时手中没钱，只好把那六十多万挪用了。这也是无奈之举，没想到居然被户部查出来了。他一看瞒不过去了，只得据实禀报。可户部回复是，你说的这些支出凭据不足，且不合程序，不能作为抵消，默许你移作办防急用已是通融了。言外之意，不查你已算是给面子了。
刘铭传哭笑不得，面对这些户部的官僚们毫无办法。按说，他们按章办事倒也没错，可这一来却把刘铭传害苦了。台湾建省之初，刘铭传就计划在澎湖购炮筑台，预算为八十万。这项计划事先征得了闽浙总督杨昌浚同意，后来炮也买来了，眼看付款的时间到了，钱却迟迟没有落实。洋人催讨炮款，违约将引起外交纠纷。刘铭传真是急眼了。他连忙上奏朝廷，请求拨款，朝廷批示：“着户部速议。”可户部的司员们卡着不办，说是台湾那三项隐瞒未报的收入还没说清楚哩。
既然向上要钱的路子走不通，刘铭传只好自己想办法了。一方面，他鼓励兴办工商业，主张招商兴市，提出“欲自强，必先致富，必先经商”，同时设立全台招商总局，以各种优惠政策，向海内外招商引资。他还派遣相关人员赴新加坡设立招商局，向南洋等地招商。他还广开财源，开征了各种厘金税和商税。刘铭传认为，台湾物产丰富，如煤、盐、石油、茶、樟脑等，均为饷源所系，如果整顿厘税，裁汰陋规，可兴地方之利，以养全台之兵。当然，刘铭传开征厘税的做法，也遭到很多反对，包括在台的洋商们，因而推行的过程中阻力重重。
然而，最大的阻力还不在这里。由于种种清规戒律和保守势力的阻挠，刘铭传的一些计划和设想往往不得不半途而废。
基隆煤矿曾是台湾创办最早的一家新型企业。该矿开办于同治三年(1864年)，由于经营不善，亏损严重。中法开战后，为了避免资敌，刘铭传下令放水将煤矿淹没，使之成了一座废矿。中法战争结束后的第二年，台湾各业开始复苏，刘铭传便打起恢复基隆煤矿的念头。就在这时，天津商人张学熙找上门来了。
张学熙是天津大商人。多年前由于开办开平煤矿发了财，尝到了甜头。听说基隆煤矿要恢复生产便兴冲冲地跑来了。他对刘铭传说，他愿意承办基隆煤矿的开采。
刘铭传问他采取什么办法。
张说由我出资，无须你掏一两一钱。
当时，台湾刚刚建省，刘铭传愁的就是钱。张学熙一开口头一个条件就正中下怀。张又说，出了煤，我首先供台湾使用，价格也降低。
这又对上了刘铭传的想法。刘铭传当时正在大办新政，他的兵轮、铁路、电报、电线和机器局等等哪一样不要煤呢？如果基隆煤矿恢复生产，那真是求之不得。
张学熙看出了刘铭传的心思，接着又说，煤矿生产赢利了，你还可以抽取煤厘，这可是一举三得。
刘铭传对此十分满意，当即拍板同意。很快，双方签订了协议，张学熙便摩拳擦掌地干起来。可是，搞了几个月便搞不下去了。究其原因，是矿井积水太深，靠人力排水相当困难，而要购置新式抽水机又缺乏资金。这样一来，钱花了不少，却收效甚微。几个月下来，张学熙亏掉了好几千两银子，只得灰头土脸地又来找刘铭传，说他撑不下去了，请求退办。
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