这样的结果令刘铭传大失所望。当时主持总理衙门的是庆郡王奕劻，而户部尚书乃翁同龢，他们向与淮系不洽。此时，刘铭传多么希望有人能站出来帮他说话。可是，过去一向支持他的醇亲王奕譞(光绪帝的生父)由于病重昏迷，无法视事，而他的老上司李鸿章也因此事敏感而不敢为他讲话。刘铭传茫然四顾，毫无援手，并预感到今后办事会越来越难。
洋人承办的方案被否决后，如何解决基隆煤矿的出路又成了一道难题。刘铭传与张士瑜商量来商量去，光靠官股无法为继，只有再招商股，重走“官商合办”的老路。虽然这个办法曾经失败过，但此一时彼一时。由于近年来煤的行情看涨，民营煤矿开始逐渐增多，经营势头也不错，这对商股又有了很大的吸引力。
刘铭传找来一些商人进行洽谈。果然，商人们很感兴趣，但他们也提出了自己的担心。洋务运动以来，“官商合办”常常搞不好，主要原因就是以官为主，商人没有发言权，而官不懂商，积习甚多，终致亏累而难以为继。他们向刘铭传提出，让他们入股可以，官商共同经营也可以，甚至在投资上让他们拿大头也没有问题，但是有一条，那就是矿务要由商人主持，官不过问。
这样的条件按理并不过分。人家拿了钱，你却不让人家主事，这本身就说不通。不过，这样做却要打破以官为主的格局。有人感到担心，提醒刘铭传还是谨慎从事，但刘铭传却认为只要能把基隆煤矿盘活，一切均可尝试。
商人们一见刘铭传放了话，便跃跃欲试。最后双方商定，基隆以原来的官本十二万投入，而商股再集资三十万，由商人接办。
应该说，这个方案对双方都有利。刘铭传也满怀希望，心想这个方案总该没问题了。洋人承办不行，官商合办难道还不成吗？因此，他一边打报告，一边批准先干起来。可是，出乎意料的是，他的报告一上去又引来了更大的风波。
户部和总理衙门立即提出质疑，他们还把刘铭传呈送的基隆煤矿合办章程逐条细抠，从中找出诸多毛病。其中有“可疑者三，必不可行者五”。
如，矿务主持。既然官商合办，就应官为主持，“何以一切事宜悉授权于商，官竟不能过问”？
又如，矿务总管聘用洋人。刘铭传所称各股皆系华人，为什么总管却是洋人？这里边“显有冒充影射情事”。
再如，该巡抚不奏明请旨，便即议立章程，擅行开办，“尤非寻常轻率可比”。
在向皇帝汇报时，奕劻和翁同龢都声称：“刘铭传前与英商订拟合同，办理粗率，已降旨申饬。谕令他慎选贤员，另筹办法，可他这次招商同官合办，依然是种种纰谬，大不可行。”
皇帝怒曰：“非严惩不可!”
光绪十六年（1890年）六月二十日，皇帝批示：“刘铭传交部议处。”并勒令其“即将现办之局赶紧停办，不准迁延回护”。
吏部接旨，认为要给予“革职处分”的重惩。不过，意见呈报上去之后，光绪帝还算手下留情，加恩改成“革职留任”。
处理决定下达后，刘铭传很不服气。他抱怨皇帝高高在上，不知下情，而户部和总理衙门则不明事理，落井下石。他复奏申辩，强调商人退办，官若另开新矿，不仅“巨款难筹”，而且“逐年亏折之费亦难为继”，希望维持原状。但报告上去后，如同石沉大海。此时，醇亲王已经病逝，而他的老上司李鸿章在自身难保的情况下也选择了沉默。刘铭传孤立无援，有志难申，一怒之下，唯有选择“乞退”。六月二十三日，即处分决定下达的第三日，他便以“目疾沉重”，请求开去巡抚本缺。
其实，早在两个月前，刘铭传就请过一次病假。那是在他被朝廷“传旨申饬”之后。朝廷给假一月，到期后他又上折子请求因病开缺。朝廷仍不准，给假三月。在这期间，他的官商合办计划再次受挫，并受到革职留任的处分。于是，假期一满，他便又一次上奏，声称病情加剧，请开缺调理；如不得请，恳请赏假，内渡就医。
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