乾元九年冬，刘裕率军戍守句章城。
孙恩频繁进攻句章城，每次都被刘裕击败。
孙恩北击海盐县，刘裕跟踪追击，在海盐县城旧址筑起城池。
起义军连日攻城，城内兵力空虚，刘裕就挑选数百人组成敢死队，都脱掉盔甲，手持短兵器，击鼓呐喊冲出城。
起义军遭到震慑，士气大丧，丢盔卸甲逃散，大帅姚盛被斩。刘裕虽然连战连胜，但考虑到众寡悬殊太大，于是假装弃城而逃，诱使起义军蜂拥进城。他趁其懈怠，发兵伏击，大败义军。
孙恩转进渡海，准备突袭丹徒（今江苏镇江），聚集部众达十余万。刘牢之还驻山阴，京师震动。刘裕闻讯，日夜兼程，与起义军同时抵达丹徒。
当时起义军和北府军众寡悬殊，又加上长途急行军十分疲惫，而丹徒守军又无斗志。孙恩率兵数万，攻打蒜山，遭刘裕部猛攻而大败，跳崖投水而死者甚众。
东晋朝廷加刘裕为建武将军、下邳太守。
乾元十年春刘裕率领水军追击至郁洲，又大败孙恩，迫使其南逃。
刘裕在海盐再度击败孙恩。自此，他三战三捷，俘虏义军数以万计，而义军遭遇“饥馑疾疫”，死亡过半，从浃口撤至临海。
孙恩畏惧被擒，于是在临海（治章安，今浙江临海东南）投海而死。
孙恩起兵，消耗了晋廷兵力，造成京防空虚，这给盘踞长江上游军事重镇荆州、虎视三吴的桓玄以可乘之机。
而北方燕国在不断的积蓄兵马粮草……
孙恩死后，余众推其妹夫卢循为主。卢循率义军残部南下，攻占永嘉（治永宁，今浙江温州）、晋安（今福建福州）等地。
东晋为安抚地方，任卢循为永嘉太守。卢循表面应允，但仍不断进攻沿海郡县。
乾元十年夏刘裕东征，讨伐卢循。
是年冬刘裕败卢循军于东阳（治长山，今浙江金华）。卢循逃往永嘉，再为刘裕追败，部将张士道也被杀。刘裕一路追击至晋安，卢循渡海南逃。
刘裕因功被加封为彭城内史。
乾元十一年：
以尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，加黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，内外戒严；加会稽王道子太傅。
江东地区遭受孙恩叛乱，接连闹起饥荒，水路漕运断绝，粮草输送不上。桓玄封锁整条长江航道，水上商路全部中断，朝廷与地方府库全都物资枯竭，军中士兵只能用麸皮、橡子充饥。
桓玄认为东晋朝廷眼下内外忧患缠身，定然没有余力出兵讨伐自己，正好借机积蓄兵力，观望时局变化。
等到朝廷讨伐他的大军即将出发时，桓玄堂兄、太傅长史桓石生偷偷写信把消息告知桓玄。桓玄得知后十分惊慌，打算收拢全部兵力固守江陵。
长史卞范之劝他说：“主公威名震慑远近，司马元显不过是个乳臭未干的少年，刘牢之早已失去人心。我们若是率军直逼京城近郊，向朝野摆明利害，东晋百官百姓定会立刻土崩瓦解，用不了多久就能拿下建康。怎能主动等着敌军打到境内，让自己陷入绝境呢？”
桓玄采纳了他的计策，留下桓伟镇守江陵，一面上奏朝廷、一面传布檄文，逐条罗列司马元显的罪状，亲自领兵顺江东下。
骠骑大将军司马元显率军西讨桓玄，桓玄也率荆楚大军南攻司马元显。司马元显派刘牢之抵御，刘裕也随军前往。
刘牢之率部到达溧州（今江苏溧阳）时，遭遇桓玄所部，刘裕请求发起攻击，未得同意。
刘牢之打算派刘敬宣到桓玄营中讲和，遭到刘裕与刘牢之的外甥何无忌联袂坚决谏阻，刘牢之不听。桓玄攻入建康（今江苏南京），杀司马元显，收夺刘牢之兵权，以其堂兄桓修代之。
刘牢之惧祸而逃，后自缢身亡。
刘裕审时度势，暂投桓玄以行韬晦。由于刘裕屡建军功，于北府旧部中颇有声望，故桓玄也不敢小视他。
桓玄奖赏刘裕讨伐孙恩、卢循的战功所以加刘裕为领军将军。
桓玄掌控朝政，获封楚王，并打算篡夺皇位。一次，桓玄的从兄桓谦私下询问他对禅代的看法，刘裕假装称赞桓玄的功勋，表示桓玄“乘运禅代，有何不可”。
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