谢琰率军击斩了孙恩的部将许允之，迎回魏隐恢复其太守职务。接着谢琰进击丘尪并将其击败，随后与刘牢之并肩作战，一路转战向前，所到之处战无不胜。
谢琰留守驻扎在乌程，派遣司马高素去协助刘牢之，大军推进到了浙江（钱塘江）岸边。朝廷下诏，任命刘牢之为都督吴都诸军事。
此刻刘裕方才登上历史舞台，刘牢之以刘裕为参军，派他带领几十个人去侦察敌情。不料遭遇几千名敌军，刘裕立刻迎头痛击，随行的士兵全都战死，刘裕也掉到了河岸下面。
敌军来到岸边准备下去抓他，刘裕奋力挥舞长刀从下往上砍杀，杀死了几个敌人，这才得以爬上河岸。接着他大声呼喊着追击敌军，敌军纷纷逃跑，被刘裕杀伤的人非常多。
刘敬宣见刘裕很久没回来，觉得奇怪，带兵去寻找，看到刘裕一个人正驱赶着几千名敌军，大家都为之惊叹。于是乘势进击敌军，大获全胜，斩杀俘虏了一千多人。
当初，孙恩听说八郡响应他的叛乱，对他的部下说：“天下再也没有什么可担心的了，我们应当穿着朝服前往建康（东晋首都）。”
但不久后听说刘牢之已经兵临江岸，他又改口说：“我割据浙江以东的地区，也不失为第二个勾践！”
戊申日，刘牢之率军渡过浙江。孙恩听说后，说：“我逃跑也不觉得羞耻。”
于是驱赶着男女二十多万口向东逃跑，一路上丢弃了许多珍宝和子女，官军争相抢夺这些财物，孙恩因此得以脱身，再次逃入海岛。
高素在山阴击败了孙恩的党羽，斩杀了孙恩任命的吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尪、余姚令沈穆夫（吴兴人）。
东方地区遭受战乱，百姓原本翘首期盼官军的到来，但随后刘牢之等人放纵士兵残暴掠夺，令士人百姓大失所望。
郡县城中连个人影都没有了，过了一个多月才渐渐有人回来。朝廷担忧孙恩会再次进犯，任命谢琰为会稽太守、都督五郡军事，率领徐州的文武官员戍守沿海港口。
谢琰无论资历和名望都在会稽极有地位，当时议论的人都认为他必定能安定当地。
而谢琰亦轻敌，到郡后既不安抚士民，亦不修整武备。史载琰“及至郡，无绥抚之能，而不为武备”。
将帅进谏说：“强贼在海，伺人形便，宜振扬仁风，开其自新之路。”
谢琰不以为然说道：““苻坚百万之众，尚且送死淮南，何况仓皇逃到海上的孙恩，怎能东山再起！如果孙恩再来，正是上天不容国贼，让他快来送死而已。”
东晋朝廷任命司马元显为录尚书事。
当时的人称司马道子为“东录”，称司马元显为“西录”。
司马元显的西府门前车马拥挤，而道子的东府门前却冷清得可以张网捕鸟了。
司马元显没有好的老师和朋友，他亲近信任的人全都是些阿谀奉承之徒，有的人被（元显）看作是一时的英杰，有的人被看作是风流名士。
司马元显一天比一天骄横奢侈，暗示礼官提出建议，认为自己道德高尚、名望极重，既然已经总揽百官事务，百官都应当对自己尽敬。于是公卿以下的官员，见到他都要下拜。
当时战事频繁，国家财政枯竭，自司徒以下的官员，每天只能领到七升粮食，而司马元显却不停地搜刮聚敛，财富超过了皇室。
此时为了应对接下来的局势慕容冲南巡洛阳。
历经三四年治理西北逐渐稳固，随即撤销姑臧、天水、长安军镇，增设南阳、彭城军镇，以慕容凤、慕容岳军南阳、慕容德军彭城。
慕容隆出镇汉中。
燕国开始整军备战。
乾元九年盛夏，江南水汽蒸腾，三吴大地疮痍未平，钱塘江岸的硝烟尚且散尽，长江上游的荆楚腹地已然狼烟骤起。
荆州大水滔天，平地水深三丈，经年蓄积的仓廪粮储尽数泡毁，江陵城内米价飞涨，饿殍遍野。殷仲堪无粮治军，无民可抚，偌大荆州藩镇，已然只剩空壳一副。蛰伏寻阳、蓄势已久的桓玄，终于撕开了所有伪善面具，以“讨伐杨佺期、肃清北疆”为名，尽起江州水师、荆南锐卒，溯江急速西进。
上游数年隐忍制衡的格局，一朝崩塌。
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