“海事急务督办署”！这是一个在紧急状态下，权力高度集中、职能明确的临时机构，名义上是为了应对眼前的危机，实则徐光启打算以此为跳板，将“格致”理念全面渗透到海事领域，并为将来可能的“开海”探索铺路。
他紧接着补充道：“此署为应急而设，事毕即裁。所需钱粮，可从江南近年新增税银中暂支，绝不额外靡费内帑！且臣举荐，可由南京兵部职方司主事孙传庭，以其熟悉江南、通晓军务，协理此事；并请准汤若望等知晓泰西船炮之西士，以‘顾问’之名参与咨议，取其之长，补我之短！”
这一番奏对，有理有据，有担待（认罪于“失察”），有方案（设立督办署），有保障（不动内帑、用江南新增税收），还有具体人选（孙传庭、汤若望）。既回应了皇帝的怒火（承认海防有问题），又给出了解决问题的实际路径（整顿、学习、改良），更巧妙地将自己之前的“敏感行为”（联络西人、研究泰西器物）转化为了应对危机的“必要准备”。
朝堂上安静下来。反对者一时语塞，徐光启的应对超出了他们预料的“辩解”或“推诿”，而是以一种更宏大的担当和更具体的方案，将了他们的军。
万历皇帝阴沉着脸，心中飞速权衡。他厌恶麻烦，但更厌恶海疆不宁、夷人嚣张。徐光启的话，虽然让他不爽，但听起来似乎……是这个道理？海防是烂了，夷船是厉害，总得有人去收拾这个烂摊子。徐光启愿意去弄，还不额外要钱（用江南的钱），好像……也只能让他去试试？至少，先把眼前的乱子平息下去再说。
“准奏。”万历终于从牙缝里挤出两个字，声音干涩，“着徐光启总领‘海事急务督办署’，一应事宜，务必妥速办理，尽早平息海患！若有差池，唯你是问！”
“臣，领旨！定不负陛下重托！”徐光启再次叩首，心中一块巨石落地。最危险的一关，暂时闯过了。
退朝后，徐光启立刻行动起来。“海事急务督办署”的牌子，挂在了“火器协办处”的旁边，事实上形成了两块牌子、一套班底。李之藻、宋应星自然参与其中，汤若望也被正式征召。徐光启第一道命令，便是以八百里加急，调孙传庭即刻北上，参与署务；同时行文福建、广东、浙江等沿海各省，令其速报水师实况、海防要图及此次冲突详报。
藉由一场突如其来的海疆危机，“格致”的力量，终于以“海事”为突破口，从一个模糊的理念和零散的试验，正式迈入了帝国应对实际军国要务的前台。尽管前途依然艰险，尽管反对者绝不会善罢甘休，但徐光启知道，他手中终于有了一把可以名正言顺地撬动海禁铁幕的杠杆。而“格致院”的真正建立，似乎也随着这“督办署”的成立，看到了破土而出的希望。
帝国的改革之舟，在掠过漕运、边关、田亩、织机等险滩后，终于驶入了波涛最为汹涌、也最广阔无垠的蔚蓝深海。一场关乎国运的更大博弈，即将在这片新的舞台上展开。
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