其实在火车站一场戏。已经做了提示，那里的尼奥，干脆就是一个普通人，被火车人一拳就打的趴到墙壁上，但这并不能证明火车站不是一个虚拟的世界，即便在矩阵里，尼奥也并非随心所欲，无所不能。在矩阵重载里，他被刀砍了会流血，也不是想干掉谁就能干掉谁的。
方雅君还问，如果on是虚拟的，那为什么不直接将其删除，还要派机器章鱼攻打？
事实上，机器城和on同处在一个虚拟世界里，必须遵守一样的规则，而章鱼的攻打，实际上正是在执行对on的删除。
方雅君又问，如果on是虚拟的，那为什么那些人类不能再分辨了？
这是因为他们和sor世界中机器生命的对抗，已经使他们没有怀疑的精力和必要了，再说本来sor世界就是真实世界的反映
方雅君最后又问，如果都是虚拟的，那么真实的世界是什么呢？
对于这个问题，杜星河只能讲，其实和sor世界差不多， sor世界所储存的都是真实世界的信息，惟独的区别是，其中sor世界生物的行为受到系统权限的规定，真实的世界也并没有什么抵抗组织，所有活着的人都被泡在营养液里面。一开始所有的人都被设置在矩阵系统里面，但后来鉴于某些人的反抗情绪会导致矩阵系统运行的不稳定，就把这些人的大脑都接入真实机器世界中智能程序运行的那个系统中。影片中把这个系统称之为sor,其中设立了on，把那些反抗者集中到这个系统中来，并使其成为一个矩阵进化的工具。ar是现实的巨型电脑管理程序以个体智能生命身份出现在矩阵中的形式。
杜星河最后给方雅君总结道，机器和人类其实是共生关系，机器的原本计划就是这样的：机器从人类那里获得能源，机器提供人体存活的营养。人类的思维生活在机器创造的ar中。
但这个计划暴露出了两大缺diǎn：
1,并不是所有人类都愿意生活在ar中。
2,并不是ar中的所有程序都是为机器原来的目的而存在的。
由于存在这两种情况，ar必须是一个能不断升级的系统，于是-on被设计了出来，机器的想法是：在现实中建造锡安城，让只愿生活在真实中，而不愿生活在ar中的人都集中到锡安，并让-on加入到他们的行列，收集这部分人不愿生活在ar中的原因，然后摧毁锡安城。让-on回归ar系统核心，完善ar系统，最后roaar系统进行升级，减少不愿生活在ar中的人的数量，最终使所有人都愿意生活在ar虚拟世界中。
-on是程序，由ora（先知）种植、唤醒并引导，这一次-on被种植在no的思维中了。
在ar系统中出现的不为设计者原来目的而存在的程序，按原来的做法。这样的程序是一定要被删除的（如那个小女孩）。在机器看来，人类没有选择。人类的思维必须生活在ar虚拟世界中。
对于不愿生活在ar中的人来说，他们认为生活在ar是人类被机器奴役，人类必须生活在真实中，机器必须被消灭。
因此，双方原先都认为：机器与真实世界人是不能和平共处的。
于是.......结果可想而知。
s的出现是ar建造者未预料到的，它是由于程序-on而引发的副作用。成为机器超级用户（即建筑师）无法捕捉的病毒程序，他在ar里疯狂复制，甚至可以侵入现实中人类的思维中，如果任其发展，ar世界将被摧毁。而现实中的人类的思维也会受其控制，虚拟世界和现实世界都将毁于s之手。
最后no牺牲自己，在ar虚拟世界中被s复制，终于被机器捕捉到s的源程序，然后实行杀毒工作。
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