同年十月，联军从高丽合浦（今韩国镇海湾马山浦）出发，横渡对马海峡，首先进攻对马岛。对马岛守军仅有百余人，在联军的猛攻之下迅速溃败，守将宗助国战死。联军继而攻占壹岐岛，岛上武士集团奋勇抵抗，却因兵力悬殊而全军覆没，守护代平景隆自杀身亡。
十月二十日，联军主力在日本九州博多湾登陆。此时，日本方面已得到消息，镰仓幕府下令九州各国武士集结抗敌，总兵力约10万人，由太宰府守护藤原经资统领。日军以武士为核心，配备少量步兵，武器以弓箭、刀枪为主，缺乏大规模集团作战的经验。
登陆后的联军迅速展开攻势，蒙古骑兵的冲锋与汉军的火炮（回回炮）给日军带来了极大震撼。日军武士虽然悍不畏死，各自为战，却难以抵挡联军的协同进攻。据《日莲圣人注画赞》记载，日军“箭如雨下，呼声震天，然蒙古军以铁炮（火炮）还击，声如雷霆，日军战马受惊，阵型大乱”。激战中，左副元帅刘复亨中箭受伤，联军攻势稍缓。
傍晚时分，联军撤回船上休整。此时，九州沿海突然刮起强烈台风，狂风巨浪将联军战船冲得七零八落。据《高丽史》记载，“是夜，大风雨，战舰触岩崖，多败溺，师遂退”。台风过后，联军损失惨重，约1.3万人葬身海底，战船损毁过半。忻都、洪茶丘见势不妙，率领残部仓皇撤退，第一次征伐以失败告终。
文永之役的失败，对元朝和日本都产生了深远影响。元朝方面，忽必烈虽震怒于失利，却并未放弃征服日本的计划，而是将更多精力投入平定南宋残余势力，同时着手准备第二次征伐。日本方面，此战虽胜，却也让镰仓幕府意识到元朝的威胁远超想象，开始积极备战：在博多湾沿岸修筑“石垒”（防御工事），从全国各地征集武士驻守九州，加强沿海警戒。北条时宗的威望因“击退元寇”而空前提升，镰仓幕府的统治得以巩固。
值得一提的是，日本将此次胜利归功于“神风”保佑，认为是天照大神显灵，派遣台风摧毁了元军。这种“神风信仰”在此后数百年间逐渐深入人心，成为日本民族意识的一部分，甚至在二战时期被军国主义者利用，组建“神风特攻队”。
三、弘安之役：更大的规模，更惨的结局
1281年（日本弘安四年），经过七年的准备，元朝发动了第二次对日征伐，史称“弘安之役”。此次忽必烈投入了更大的兵力，试图一举征服日本。
元朝将远征军分为两路：东路军由忻都、洪茶丘率领，兵力约4万人，战船900艘，从高丽合浦出发；江南军由阿剌罕、范文虎率领，兵力约10万人，战船3500艘，从庆元（今浙江宁波）出发。两路大军计划在日本壹岐岛会师，然后共同进攻九州。
然而，这次征伐从一开始就埋下了失败的隐患。东路军与江南军分属不同系统，指挥不统一，将领之间矛盾重重。东路军多为蒙古、高丽将士，骄横轻敌；江南军则以南宋降兵为主，士气低落，战斗力不强。此外，战船的建造质量也存在严重问题：江南军的战船多由南宋工匠赶制，为了赶工期，大量使用劣质木材，船体脆弱，难以抵御海上风浪。
五月，东路军率先出发，攻占对马岛、壹岐岛后，不等江南军抵达，便擅自进攻博多湾。但此时日本已在博多湾沿岸筑起了长达20公里的石垒，日军依托石垒顽强抵抗。东路军多次登陆均被击退，伤亡惨重，被迫撤回壹岐岛等待江南军。
七月，江南军终于抵达壹岐岛，与东路军会师。联军总兵力达到14万人，战船4400艘，规模远超文永之役。然而，指挥混乱的问题愈发严重：阿剌罕在出征前病逝，范文虎接任江南军统帅，此人昏庸无能，与忻都、洪茶丘互相掣肘，迟迟不能制定统一的作战计划。
联军在九州沿海徘徊月余，始终未能突破日军的石垒防线。日军则利用熟悉地形的优势，不断袭扰联军船队，烧毁船只，斩杀落单士兵。联军士气日益低落，粮草也逐渐告罄。
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