第二，财政转移支付体系尚不完善。为了解决财政纵向失衡的现象，中央主要是通过财政转移支付，即中央通过税收返还、一般性转移支付和专项转移支付方式弥补地方财力不足的问题。从实行分税制以来，中央对地方的财政转移支付数量不断增多，从1995年的2534亿元增加到2012年的45101亿元。但是，地方对中央的财政转移支付依赖程度较高，地方政府的财政自给能力依然不足。我国纵向财政转移支付并没有发挥制度设计的应有作用。在财政转移支付资金当中，作为分税制改革中央和地方妥协的产物，现行的税收返还，仍以维护地方既得利益的基数法进行分配，体现了对收入能力较强地区的倾斜原则，使财力相对充裕的地方能够得到较多的税收返还，而经济越落后、发展越缓慢的地区，得到的税收返还也就越少，从而制约了转移支付均衡地区间财力差异目标的实现。税收返还虽然比重逐年下降，但是调节财力均等化的一般性转移支付比重则很小，专项转移支付的资金比重则不断提高。中央财政为实现特定的宏观政策及事业发展战略目标，以及委托地方政府代理事项进行补偿而设立的转移支付项目资金的出发点是为了弥补地方财政缺口，但是由于项目众多、政出多门、缺乏监管规范等特点，一些地方为争夺项目而“跑部钱进”。因此，伴随着数量的不断增加，中央对地方转移资金的使用也亟待完善。
第三，分税制下财政关系三要素不确定。要理顺政府间财政状况，必须深入了解我国政府间财政关系的三个要素：事权、财权和财力。西方国家的事权是按照项目划分，而中国的事权则是按照要素划分。两种划分并没有孰优孰劣之分，而是根据本国国情划分。中国的事权是按照决策、监督和执行三要素进行纵向划分，即中央决策，地方执行。进一步而言，中国采取的是事权共担的
方式，即中央一级决策，而地方各级，包括省、市、县和乡各级政府共同承担政府事权，并非单独由某一级政府单独完成。因此，中央各部委可以通过发文的形式要求地方各级政府部门完成既定事权。但是财权和财力的分配则是由财政部门安排。中央各部门都强调自己事权的重要性，但是地方各级政府却没有相应的财权和财力去完成任务，这就使政府间事权、财权和财力常常处于不确定性状态。一旦不确定状态超出了政府控制，便会出现事权和财权、财力不相匹配的现象。财政体制中三要素的不确定性成为了我国政府间财政关系不顺的根源所在。
第四，央地两级财政偏好差异巨大。地方政府在近二十年的发展过程中，一直作为中央政府具体执行本地事务的庞大政治组织，不仅是中央政府的延伸和代理，更有自身的利益诉求。它不仅担负着兴办地方社会事业、保障地方社会福利和社会经济发展等职能，还兼有辖区内相当庞大的国有资产所有者职能。长期以来地方政绩考核的观念使中央与地方在宏观调控、提供公共服务等方面存在着差异。中央政府的愿望在于保持社会全局的稳定和经济的发展，但是地方政府则对GDP的欲望十分强烈。中央政府和地方政府的偏好不同，这势必会导致政府追求理念的不同。实践中中央和地方政府也存在着偏好的差异性，即中央与地方政府所秉承的治理理念和采用手段的方式不同：中央政府更加看重宏观财政和全局；地方政府则更加强调本地财政和局部。
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