这份奏折写得尖锐而恳切，义正词严，以张佩纶 “滥保匪人”的罪名，要求揪出他的后台，完全站在为太后和皇帝谋划的角度，将用人不力的原因层层剖析。慈禧如获至宝，破例将这份奏章拿给光绪帝 “御览”。光绪帝也认可是军机处结党营私导致越南战场失利，所以他支持慈禧对军机处加以整顿。
慈禧和光绪帝都赞同盛昱的观点，认为恭亲王奕訢、宝鋆 “俯仰徘徊，坐观成败”，景廉、翁同龢 “才识凡下”，张佩纶、李鸿藻 “滥保匪人”。这样的话，军机处就没有一个可用之人了。慈禧决定以此为借口，改组军机处。
清明节这一天，皇亲国戚都要去东陵普祥峪 （今河北遵化市）祭拜慈安太后，由恭亲王奕訢主持慈安太后逝世三周年祭典。因东陵距离京城较远，奕訢提前几天就离京去做准备。慈禧抓住这一时机，立刻展开行动。这天上午，她亲自到西直门内大街后半壁街寿庄公主府赐奠，目的是找机会会见醇亲王奕[imgalt="patch" height="12" src="images/" width="13" /]。寿庄公主是道光帝第九女，也是醇亲王的同母妹妹，这位老公主二月十四日去世，清明节赐奠也在情理之中。赐奠之后，慈禧在公主府传膳，并邀见醇亲王。之所以邀见，是因为慈禧不以皇太后身份而是以妻姐身份相邀。醇亲王虽然不太情愿，但既然是妻姐邀请，必是有什么私事，于是只得前往。据说两人密谈甚久，究竟谈了些什么，外人无从得知。但是，慈禧与醇亲王奕[imgalt="patch" height="12" src="images/" width="12" /]会谈后才两三天，北京就有各种谣言流传开来，其中流传最广的是醇亲王奕[imgalt="patch" height="12" src="images/" width="13" /]将重新出山的消息。
张佩纶得知消息后，于三月十一日给李鸿章写了一封密信，信中提到朝中变化万端的形势，以及自己被多次弹劾的处境。从张佩纶提供的信息中，李鸿章觉察到慈禧太后将与醇亲王联手，矛头不仅指向军机处，还指向总理衙门，这极有可能会有一次人事大地震。
帝师翁同龢也打探到了弹劾奏折的内容及太后与醇亲王密谈之事。他没想到自己一个堂堂大学士、军机大臣、帝师，竟被人说成是平庸无能之辈。他排解忧虑恐慌的办法就是写日记，彼时字里行间流露着他惶恐不安的心情：“盛昱一件未下，已四日矣，疑必有故也。……自巳正迄未正，兀坐看门，尘土眯目。吁，可怕哉！”第二天，翁同龢又写道：“前日封事总未下，必有故也。”盛昱的弹劾奏章并没有公布内容，大臣们只得揣测其中缘故，到底有怎样的变故，他们并不清楚。
此时，恭亲王奕訢对京师的传言仍一无所知。办完祭奠后，他于三月十三日回京。这天早上，慈禧召见在京王公大臣、大学士和九卿六部大员，唯独没有召见等候许久的恭亲王和军机大臣。显然，这样的反常举动预示将有大事发生。待大臣们散去后，慈禧颁发了一道懿旨，主要内容是：
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