3.后来，为了因应电玩GBA版（红宝石、蓝宝石版）的推出，神奇宝贝于2002年11月21日播出《神奇宝贝超世代》（PokémonAdvancedGeneration）系列。在城都联盟结束后，小霞和小刚因为各自有事而和小智分离了，小智为了重新出发，于是只带着皮卡丘前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚更又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。
4.《神奇宝贝超世代》（PokémonAdvancedGeneration）共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得优胜缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。
5.2006年秋季，为配合电玩NDS版（钻石、珍珠版）的上市，动画同步推出全新的系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（PokémonDiamond&Pearl）。对战开拓区篇结束后，小遥为了挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小刚也因为道馆有事而回去了，小智则受到了小茂的激励，独自一人带着皮卡丘和偷渡上来的长尾怪手前往新的地区神奥地区。新登场的女主角小光，其蓝本取自于电玩NDS版（钻石、珍珠版）的女主角。另外于2007年，为庆祝电视版播映十周年，东京电视台曾多次播映一小时特别篇（即连续播映两集）。
6.在《神奇宝贝钻石&珍珠》（PokémonDiamond&Pearl）中，新人训练家小光为了成为顶尖的协调训练家，而从双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达了神奥地区，并在那里和小刚再度会合。在机缘巧合下，小光救了小智的皮卡丘，三人于是并一同结伴旅行，展开了在神奥地区的冒险。和以往不同的是，小光的戏份大幅增加，在历代女主角中，还是第一个有办法和小智的戏份相提并论的。目前日本正持续播出中，台湾也由中视进行首播。
主要人物
主条目：小智
主条目：皮卡丘
主条目：小霞
主条目：小刚
主条目：小建
主条目：小遥
主条目：小胜
主条目：小光
主要对手
主条目：武藏
主条目：小次郎
主条目：喵喵
主条目：亚马多
主条目：小三郎
劲敌
被列为主要劲敌的准则如下：
1.已被公认为固定班底（ex：小茂、小瞬以及真嗣等)。
2.后续有在周刊放送局登场。
3.联盟大赛（橘子联盟除外）或华丽大赛的重要对手。
主条目：小茂
主条目：阿弘
奈奈（ナナコ）：小智的劲敌，出身若叶镇。是个热爱黄色神奇宝贝及棒球的热血少女，十分支持电击兽棒球队。
英文名：Casey
拥有的：大**、小拉达、**、大针蜂（小智送的）、电击怪。
主条目：叶越
主条目：政宗
主条目：哲也
主条目：小瞬
哈利（ハーリー）：小遥的劲敌，出身凯那市。是个老爱使用卑劣手段，为求胜利不择手段的人妖，擅长使用恶系的神奇宝贝。
英文名：Harley
拥有的：梦歌奈亚、诅咒娃娃、阿利多斯、章鱼桶、胖可丁。
主条目：纱织
主条目：小望
主条目：健悟
尚志（－）：他是当神奥联盟跟华丽大赛比赛的其中之一。
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