1988年7月，厦门大学高等教育科学研究所经国家教委批准为全国高等教育学重点学科点。至1991年年底，全所有专职科研人员21人，兼职科研人员44人，设有4个研究室：高等教育理论与高教史研究室、高等教育管理学研究室、心理学研究室、外国高等教育研究室。学科比较齐全，初步形成了老、中、青相结合的学术梯队和以专职为主、专兼职结合的科研队伍。
该所在20世纪90年代的主要研究方向与任务是：研究中国和世界高等教育的理论与发展改革动态；研究青年心理和高等教育管理；建立与发展高等教育学学科、青年心理学学科和高等教育管理学学科；培养高等教育学、青年心理学和高等教育管理学的理论工作者和实际工作者。研究重点是高等学校教学理论和大学心理学。从1992年起，该所从原来的以培养研究生为主，逐步转移到更多更好地推出科研成果上来，积极促进高等教育学、青年心理学和高等教育管理学领域的国内外学术交流，为我国和世界高等教育的改革、发展和学科建设做出了贡献。①研究重点的转变，表明1992年后厦门大学高等教育科学研究所进入第三发展阶段。
北京大学高等教育研究所于1984年由高等教育研究室正式改所后，各方面的工作取得了长足进步，研究力量不断壮大。截至1991年，全所有在职人员22人，其中专职教学科研人员17人；资料室藏书6000余册，期刊700余种。“全国高等教育情报网”于1988年成立后，总站设在该所，负责组织情报网成员的情报搜集、整理、编印及交流工作。
在高等教育研究方面，北京大学高等教育研究所在“六五”"七五”计划期间承担了教育科研国家级项目5项、部委级及其他各类课题多项；编写、出版著作10多部，其中，《中国高等教育结构研究》和《教育经济学研究》获全国首届教育科研优秀成果一等奖，《美国高等教育发展史》是20多年来外国高等教育史研究的代表性成果之一。北京大学高等教育研究所建所10多年，逐渐形成了高等教育管理、高等教育经济学、比较高等教育、高等教育史和高等教育评估等几个主要的研究方向。同时，该所重视开展对外交流与合作，承担了世界银行、联合国教科文组织亚太地区总办事处委托的研究项目各1项；与美国、日本等国有关大学合作的项目有3项。②
除上海市高等教育研究所、厦门大学高等教育科学研究所和北京大学高等教育研究所之外，在20世纪80年代中期以后成长、壮大起来的研究机构通过承担研究项目，主办核心期刊，为高等教育学的繁荣发展做出了自己的贡献。
1989年10月18日至21日，厦门大学高等教育科学研究所和北京大学高等教育研究所联合发起组织的全国校际高等教育研究所(室)工作讨论会在厦门大学召开。来自全国高等教育研究所(室)的50多位代表就高等教育研究机构在高等教育改革与发展中的地位、作用等问题进行了广泛探讨。会议指出，据中国高等教育学会秘书处1987年对17个省、直辖市、自治区的不完全统计，高等教育研究所(室)数已逾700个，专、兼职人员数量大幅度上升，创办刊物近400种，在理论研究和推动高等教育改革实践方面做出了贡献，高等教育研究所(室)的工作已初步得到社会的承认和重视。但在研究队伍建设、研究方法、研究经费等方面还存在不少问题，有待解决。①潘懋元和汪永铨分别为大会做了总报告和总结报告。潘懋元在报告中提出：要明确高等教育研究机构在高校中的性质、任务、地位和作用；促使高等教育研究成果在教育实践中起作用，适当吸收干部、教师参加高等教育研究所(室)的研究工作；加强校级高等教育研究所(室)的信息交流。②这些意见对迅猛发展中的高等教育研究机构的建设是有指导意义的。
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