朱熹对佛教的心性说多有批评。指斥佛教讲性空，不懂得心中的性，理是真实而非空的，是只知心而不知理。但是，朱熹自己曾说“少年亦曾学禅”，“某于释氏之说，盖尝师其人，尊其道，求之切至矣”。[83]不仅如此，朱熹本人也大谈“人心至灵”，说：“此心本来虚灵，万理具备，事事物物，皆所当知。”[84]“其体虚灵而不昧，其用鉴明而不遗。”[85]他还说：“人之良知，本所固有。”[86]这些说法和禅宗的人心本性是灵和不昧的思想极为相似。禅宗的知为心体的观念对陆九渊的心学影响更大。他指出“心即理”说，认为天理、人理、物理都在吾心之中，宇宙的理与吾心中的理是一个，而且心和理是永久不变的。千万世之前之后有圣人出，东南西北有圣人出，都是同此心，同此理。陆九渊宣扬道德观念是人心所固有的，也是永恒不变的。这也和禅宗的心体为知的思想是相一致的。
中国佛教宗派强调众生本性是清净的、觉悟的，众生之所以陷于迷惑，没有成佛，是由于本性被妄念浮云所盖覆，为各种情欲所蒙蔽。众生只要去掉妄念，排除情欲，返归本性，就可成佛。这种心性修养理论是传统儒学所没有的。在唐代，李翱摄取这种思想，倡导复性说。复性说是以儒家的语言讲佛家的佛性理论。张载、程、朱受到这种思路的启发，把性区分为两种，提出“天地之性”（天命之性）和“气质之性”对立说，这种人性二元论的创立，使中国古代思想家关于人性善恶之争，以及善恶的来源等问题的说明，有了较为合理的解决，使之能自圆其说，并为“天理人欲之辨”找到了理论根据。程朱还把“心”也区分为“义理之心”和“物欲之心”，强调天理和人欲的对立。天命之性、天理和佛教，特别是禅宗讲的本性、佛性颇为相近。如果说禅宗所说的“佛性”多是披上一层佛性外衣的人心、人性的话，那么程朱所言的“天理”、“天命之性”则是一种佛性化了的道德本体。两者外表有异，但内涵却无大殊。气质之性、人欲则和佛教讲的妄念、情欲相似。理学家认为，每个人“天理具备，元无欠少”，只是“为气禀物欲所蔽”，若把物欲排除净尽，天理便会自然显明。他们由此提出“存天理，灭人欲”的命题，把它作为道德修养的根本途径和理想境界。这更是佛教“去妄证真”的翻版。在这里，程朱虽然把心和性分开，又把心和性区分为两种，与佛教说法不同，但和佛教的区分为佛性和妄念，以及遏制欲念，保存本性的基本主张还是一致的。由此可以看出，儒学自李翱以来，心性学说的重大变化是和佛教带来的新刺激、新活力、新观念是分不开的。宋儒正是承袭了佛教的心性论，并加以改造，使之和儒家的纲常名教相结合，使之儒学佛学化，从而创立了和佛教既同又异的心性理论。
从一定意义上说，新儒学自程朱至陆王与其说是受佛教的影响，毋宁说是佛儒交融的产物更为准确一些。因为从宋代学术文化思潮的发展大趋势看，不仅儒学受佛教的影响，同时佛教也深受儒家学说的影响。佛儒交融的结果，在儒家方面，出现了冶三教（儒、道、释）于一炉的宋明新儒学，而在佛家方面，则出现了佛教的儒学化。
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