福泽谕吉对眼前时局虽感困惑和忧虑，但他坚持“文明开化”“教育救国”思想的意念却并未稍改。在被解职之后，他把全部精力用在兴办学塾和著书立说上。1868年，福泽谕吉把学塾由铁炮洲搬到新钱座，并按当时年号（庆应四年）将学塾命名为“庆应义塾”。1871年再将庆应义塾搬到三田，到1872年，学塾规模日益壮大，学生人数已多达302人。随着庆应义塾的发展壮大，福泽谕吉出版了大批旨在介绍西方文明的启蒙著作。其中主要包括：《西洋事情》《西洋枪操法》《西洋导游》《条约十一国记》《西洋衣食住》《启蒙穷程图解》《兵士怀中便览》《洋兵明鉴》《掌中万国一览》《清英交际始末》《世界国尽》和《启蒙学习之文》等。
在福泽谕吉潜心办学和从事著述的同时，日本政局发生了巨大变化。1868年“明治维新”爆发后，德川幕府垮台，新成立的明治政府为实现“富国强兵”的目标，进行自上而下的资本主义改革，一面着力铲除封建遗弊，一面积极推行“文明开化”和“殖产兴业”的政策。明治政府大胆改革的措施和精神，使福泽谕吉彻底改变了对维新志士的看法，他欢呼此乃“古今之一大盛举”，认为“目睹此盛举，虽死亦无憾矣”[9]。从1872年起，他改变了从前消极启蒙和袖手旁观的态度，在继续促进庆应义塾发展壮大的同时，以充沛的精力和旺盛的热情积极开展启蒙宣传活动。从1873年到1875年，他与森有礼等人发起成立“明六社”和创办《明六杂志》，大力宣传启蒙思想。1872年到70年代末，他连续出版了其代表著作《劝学篇》和《文明论概略》，由从前单纯介绍西方文明的做法，转为用自己的观点，发挥“天赋人权”思想，阐述对“文明开化”的见解，号召日本国民“人人独立”、舍身卫国，使日本尽快赶上先进国家。这两部著作表明，福泽谕吉的民族主义思想体系已渐趋成熟。除此之外，福泽谕吉还撰写了《童蒙教训》《怪状女人》《文字教育》《会议辨》《学者安心论》《分权论》《民间经济录》等著作，并创办了《民间杂志》和《家庭丛谈》两种刊物。这些著作无不充满启蒙精神，对明治初期的“文明开化”运动起到了重要推动作用，尤其是《劝学篇》和《文明论概略》发表后，日本一时出现“洛阳纸贵”的局面。作为一名伟大的思想家，福泽谕吉成为妇孺皆知的名字。
19世纪80年代后，福泽谕吉虽仍苦心经营庆应义塾和广泛开展创作活动，但随着日本资本主义制度的确立和国力的增强，他已失去了那种破坏旧世界的热情，他的政治思想开始趋于保守，民族主义思想逐渐恶性膨胀。福泽谕吉的活动目的开始由提倡“文明开化”转变为追求“富国强兵”。对国内，他在政治问题上持所谓不偏不倚的中立主义，主张国权优先，劝说民权派消除不满，希望实现“官民调和”；对国外，他倡导所谓“脱亚入欧论”，主张日本脱离亚洲阵营，与欧美列强为伍，共同参与侵略东方邻国的勾当。
1890年，福泽谕吉对庆应义塾进行学制改革，成立以大学本部为中心的小学6年、中学5年、大学5年的一贯制教育体制。
1897年，福泽谕吉开始回顾自己的著述生涯，整理文稿，准备出版《全集》。1901年2月3日，福泽谕吉因患脑溢血病逝世，时年66岁。
二、论“文明开化”和“崇实致用”
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