提高学费数额，是高校增加非财政性收入的途径之一。学费对不同学校有不同的意义。在我国，在私立高校（以及所谓独立学院），学费是决定性的，学校的收入主要来自学费，而在多数公立高校，学费仅占办学成本的一小部分。确定学费水平涉及一系列复杂的因素。确定公立高校的学费数额是一个政治过程。公立高校学费哪怕是小幅度的提高，都会面临强烈的政治反应，各国都是如此，特别是在我国，很多家庭还很贫困的时候。私立学校的学费则更多地受市场因素的影响，低学费是私立高校维持市场竞争力和提高生源质量的重要手段。所以，提高学费，无论是对于公立高校，还是对于私立高校来说，都是艰难的选择，公立高校不应将其作为增加学校非财政性收入的主要途径，学校应将眼光转移到其他方面。[25]
学校自筹资金的途径，一般包括校办企业、有偿的社会服务、招收留学生、募捐等。
以校办企业盈利作为教育经费的补充，是20世纪80年代以后在中国高校出现的一种现象，西方国家高校一般不采用这个途径补充教育经费。20世纪80年代，中国社会发生了深刻的变革，社会分化加剧；同时期，教育经费的增长缓慢，教育领域出现了严重的经费短缺，与其他职业相比，教师的收入低。在这种情况下，学校开始寻求创办产业，补充教育经费的不足。1992年邓小平“南巡讲话”之后，校办产业获得了巨大的发展，几乎所有的高校都创建了企业，以北大方正为代表的一批企业，发展成庞大的企业集团，一些校办企业在金融市场募集资金。为鼓励校办企业的发展，在税收等方面，政府采取了更为优惠的政策。至2005年，全国高校校办产业收入总额1071.34亿元，其中科技型企业收入总额909.69亿元，收入超过亿元的高校有103所、企业有98个，全国高校校办产业实现利润总额55.62亿元，其中科技型企业实现利润总额45.23亿元，全国高校校办产业对学校回报21.01亿元，向国家交纳税费48.08亿元。[26]
但随着校办企业的发展，问题和矛盾也随之出现，突出表现在，校办企业产权关系不顺、学校直接承担企业运营风险，管理体制不规范等，学校办企业的热情受到诸方面的批评，被指泯灭了大学精神，冲击了教学科研。2001年，国务院体改办、教育部等8部委制定《关于北京大学清华大学规范校办企业管理体制试点指导意见》，要求明晰校办企业产权关系，校企分开，使校办企业成为承担有限责任、自主经营、自负盈亏、照章纳税的市场主体，规避学校的财政风险；逐步建立和完善学校在创办高科技企业中的投入与撤出机制，进一步扩大和完善科技成果产业化渠道，推动科技成果产业化，使学校正常的教学、科研与校办企业经营走上良性循环的道路，促进教学、科研和校办企业健康发展。
高校办企业，有人才和技术方面的优势，以校办企业盈利补充教育经费的不足，是中国高等教育的一个有益的探索，符合中国国情；校办企业方便学校教师研究和开发成果的转化，拉近高校与市场的关系，让学校感受到市场的脉搏，提高办学的社会适应性。但企业经营有风险，高校无法承担企业的风险；企业的经营和管理与高校的管理很不相同，不能用管理高校的方式管理企业；高校及高校的领导、教师不能把太多的精力用在办企业上，影响学校的教学和研究工作。因此，校企分开，将校办企业改制为独立的法人和市场主体，自负盈亏，引入现代企业管理制度，聘请职业经理管理企业，是正确的选择。
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