由于各级政府负担的责任与方式不健全，一些地区还出现了“挤出效应”。孙志军等（2010）对中、东、西部地区的三个省的县级教育经费数据统计分析发现，“新机制”实施之后那些经济水平更高的、财政能力更强的及教育投入努力程度更高的地区，政策效果更好；而那些经济水平原本比较低的、财政能力比较弱的地区，由于有了中央财政的转移支付反而削弱了当地政府的投入努力程度。[11]可见在加大中央政府转移支付力度之后，如何提高地方政府本级财政对农村义务教育的投入努力程度，使各级政府明确自己所担负的责任及如何增加教育投入的方式是目前“新机制”改革亟待解决的一个重要问题。
我们认为，要真正落实义务教育经费投入政策，首先必须明确省级政府的统筹责任，合理设计省以下各级政府在“新机制”各项经费上的投入比例，按照省级政府确定的经费项目和分担比例落实分担责任，并加大对财力比较薄弱的县区农村义务教育的转移支付力度，保证财政能力弱的县域地区义务教育经费充足到位，不能将义务教育的财政责任与管理责任都由县来承担。省、市和县财政部门都要开设农村义务教育经费保障资金专户，用于中央、省级、市和县农村义务教育专项资金的支付管理，防止资金被截留、滞留、挤占和挪用，确保免收学杂费、补助资金和公用经费补助资金按时直接拨入财政专户。
第三，城乡间教育经费支出的绝对差异仍然较大，农村学校办学条件达标情况不容乐观，对农村义务教育的投入水平仍需不断提高。
图3-5 全国城乡小学生均支出情况
［数据来源：《中国教育经费统计年鉴》（2001—2011）］
图3-6 全国城乡初中生均支出情况
［数据来源：《中国教育经费统计年鉴》（2001—2011）］
前文提到“新机制”实施之后，农村和城镇无论是生均教育经费、办学条件方面都得到了极大的提升，但是我们也发现从绝对差异上看，农村学校实际生均教育经费及办学条件与城镇学校还是存在较大的差距。主要表现在以下两个方面。一是生均教育经费的绝对差异仍然较大。如图3-5和图3-6所示，2000—2010年，我国城乡间小学及初中生均教育经费支出都得到了长足的增长，但是同时城乡间的支出差距也随之增大，小学、初中生均教育经费支出差距由2000年559元与861元增加到2010年的1269元与1832元。
图3-7 全国城乡小学预算内生均事业费支出情况
［数据来源：《中国教育经费统计年鉴》（2001—2011）］
图3-8 全国城乡初中预算内生均事业费支出情况
［数据来源：《中国教育经费统计年鉴》（2001—2011）］
图3-7和图3-8所示，2000—2010年，我国城乡间小学及初中预算内生均事业费支出也得到了长足的增长，但是同时城乡间的预算内教育事业费支出差距也随之增大，小学、初中预算内生均教育事业费支出差距由2000年的302元与384元增加到2010年的714元与889元。二是城乡间小学和初中的办学条件差异仍然存在，农村学校办学条件的达标情况不容乐观。尽管2001—2010年，农村中小学校生均校舍面积增长幅度很大，且明显高于城市（参见图3-9），但是农村学校生均校舍面积与国家标准还有差距。小学生均校舍面积低于国家标准（8.25m2）2.27m2；生均食堂面积低于国家标准（2.5m2）1.8m2。初中生均校舍面积低于国家标准（10m2）1.64m2；生均食堂面积低于国家标准（2m2）0.9m2（参见图3-10）。
图3-92001—2010年农村学校与城市学校生均校舍面积变化情况
［数据来源：教育部财务司义务教育经费保障内部资料（2011年）］
图3-102010年农村学校生均校舍面积与标准差距情况
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