为了逐步建立与社会主义市场经济体制、政治体制和科技体制相适应的高等教育体制，1993年1月，国务院批转国家教委《关于加快改革和积极发展普通高等教育的意见》，指出“高等教育管理体制的改革方向是，逐步实行中央与省（自治区、直辖市）两级管理、两级负责为主的管理体制”。1993年2月，中共中央、国务院印发了《中国教育改革和发展纲要》，指出高等教育体制改革主要是解决政府与高等学校、中央与地方、国家教委与中央各业务部门之间的关系，逐步建立政府宏观管理、学校面向社会自主办学的体制。主要改革措施包括：①改革办学体制，改变政府包揽办学的格局，逐步建立以政府办学为主体、社会各界共同办学的体制，逐步形成以中央和省（自治区、直辖市）两级政府办学为主、社会各界参与办学的新格局。②调整政府与学校的关系，按照政事分开的原则，通过立法，明确高等学校的权利和义务，使高等学校真正成为面向社会自主办学的法人实体；政府要转变职能，由对学校的直接行政管理，转变为运用立法、拨款、规划、信息服务、政策指导和必要的行政手段进行宏观管理。③调整中央与地方的关系，进一步确立中央与省（自治区、直辖市）分级管理、分级负责的教育管理体制。中央直接管理一部分关系国家经济、社会发展全局并在高等教育中起示范作用的骨干学校和少数行业性强、地方不便管理的学校。在中央大政方针和宏观规划指导下，对地方举办的高等学校的领导和管理，责任和权力都交给省（自治区、直辖市）。④调整国家教委与中央各业务部门的关系，由国家教委负责统筹规划、政策指导、组织协调、监督检查、提供服务。中央各业务部门要加强对本行业的人才预测和规划，协助国家教委指导本行业的人才培养工作，负责管理其所属学校。⑤改革高等学校的招生和毕业生就业制度，改变全部按国家统一计划招生的体制，实行国家任务计划和调节性计划相结合。改革学生上大学由国家包下来的做法，逐步实行收费制度。改革高校毕业生“统包统分”和“包当干部”的就业制度，实行少数毕业生由国家安排就业，多数由学生“自主择业”的就业制度。⑥改革对高等学校的财政拨款机制，充分发挥拨款手段的宏观调控作用。
1995年7月，国务院办公厅转发国家教委《关于深化高等教育体制改革的若干意见》，提出高等教育管理体制改革的目标是“形成中央和省、自治区、直辖市人民政府两级管理、分工负责，以省、自治区、直辖市人民政府统筹为主，条块有机结合的体制框架”。这一阶段的高等教育管理体制的重点是淡化和改革学校单一的隶属关系，加强省级人民政府的统筹。1997年1月，国家教委出台了《关于转变职能，加强宏观管理，扩大直属高校办学自主权的若干意见》，提出要根据高等教育管理体制改革的目标，加强地方政府对所在地区学校的统筹权，还要求进一步改进管理决策体系，加强社会参与，促使决策民主化、科学化。
（三）以法律的形式确立高校的两级管理体制
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中国教育改革开放40年:职业教育卷