1998年8月，第九届全国人民代表大会常务委员会第四次会议通过《高等教育法》，对前一阶段高等教育体制改革的成果进行了巩固。如第十三条规定：“国务院统一领导和管理全国高等教育事业。省、自治区、直辖市人民政府统筹协调本行政区域内的高等教育事业，管理主要为地方培养人才和国务院授权管理的高等学校。”第十四条规定：“国务院教育行政部门主管全国高等教育工作，管理由国务院确定的主要为全国培养人才的高等学校。国务院其他有关部门在国务院规定的职责范围内，负责有关的高等教育工作。”第二十五条规定：“……设立高等学校的具体标准由国务院制定。设立其他高等教育机构的具体标准，由国务院授权的有关部门或者省、自治区、直辖市人民政府根据国务院规定的原则制定。”第二十九条规定：“设立高等学校由国务院教育行政部门审批，其中设立实施专科教育的高等学校，经国务院授权，也可以由省、自治区、直辖市人民政府审批……”第六十条第二款规定：“国务院和省、自治区、直辖市人民政府依照教育法第五十五条的规定，保证国家举办的高等教育的经费逐步增长。”
1999年的《面向21世纪教育振兴行动计划》和《中共中央国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》，进一步强调中央和省级政府两级管理、分工负责，进一步简政放权，加大省级人民政府管理本地区教育的权力，形成在国家宏观政策指导下，以省级政府统筹为主的条块结合的新体制。
（四）政校分开，管办评分离
2010年7月，中共中央、国务院印发《教育规划纲要》，对2010—2020年我国高等教育改革与发展做出了纲领性的规划。主要改革措施包括：①建设现代学校制度，推进政校分开、管办分离。适应国家行政管理体制改革要求，明确政府管理权限和职责，明确各级各类学校办学权利和责任；落实和扩大学校办学自主权，高等学校按照国家法律法规和宏观政策，自主开展教学活动、科学研究、技术开发和社会服务，自主设置和调整学科、专业，自主制定学校规划并组织实施，自主设置教学、科研、行政管理机构，自主确定内部收入分配，自主管理和使用人才，自主管理和使用学校财产和经费。②改革办学体制，健全政府主导、社会参与、办学主体多元、办学形式多样、充满生机活力的办学体制。③改革管理体制，以转变政府职能和简政放权为重点，深化教育管理体制改革，提高公共教育服务水平。明确各级政府责任，规范学校办学行为，促进管办评分离，形成政事分开、权责明确、统筹协调、规范有序的教育管理体制；加强省级政府教育统筹，完善以省级政府为主管理高等教育的体制，合理设置和调整高等学校及学科、专业布局，提高管理水平和办学质量；转变政府教育管理职能，各级政府要切实履行统筹规划、政策引导、监督管理和提供公共教育服务的职责，建立健全公共教育服务体系，逐步实现基本公共教育服务均等化，维护教育公平和教育秩序；提高政府管理的有效性，整合国家教育质量监测评估机构及资源，完善监测评估体系，定期发布监测评估报告。加强教育监督检查，完善教育问责机制。
综上，20世纪80年代的高等教育改革主要是调整国家与高校之间的关系，改变政府对高等学校统得过多的管理体制，下放高等教育权力，强调在加强国家宏观管理的原则下，扩大高等学校的办学自主权。90年代的高等教育改革主线是改变高校的三级管理体制，形成中央和省级人民政府两级管理。2000—2010年，国家在继续完善中央和省级人民政府两级管理，以省级人民政府管理为主的高等教育管理体制的同时，扩大高等教育规模。例如，2002年6月颁布的《全国教育事业第十个五年计划》提出：要全面完成高等教育管理体制改革和布局结构调整，建立、健全中央和省级人民政府两级管理、以省级人民政府管理为主的新体制；深化办学体制改革，拓宽办学渠道，增加新的教育资源，以各种形式扩大办学规模，使各类高等教育在学人数增加到1600万人左右，高等教育毛入学率达到15%左右。
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中国教育改革开放40年:职业教育卷