第三，要健全学生申诉的程序性规定。“只有公正的程序，才具有产生公正结果的能力。”[14]古老的自然正义原则，其要义就在于保证程序的正义，才能实现实体的公正。然而，从我国申诉制度的设计来看，“重实体、轻程序”的问题十分突出，进一步细化相关程序性规定势在必行，尤其应健全公开、参与、申辩、回避、听证等制度。建议申诉处理委员会在处理学生申诉时，是否公开应尊重申诉人的意见。但无论公开与否，都应保证申诉人和相关关系人出席。处理过程中应允许申诉人对自己的行为进行申辩，并允许其和原决定单位的代表进行辩论和质证。原来做出处理或处分的单位中参与处理或处分决定的个人不应当参与到申诉案件的裁定过程中，以保证申诉机构审理案件的客观中立。鉴于听证制度具有成本较高、削弱当事人隐私权等消极影响，因此不宜将听证设为申诉审查的必经程序，而只是在有需要的情况下使用，如对涉及学生重大权益的争议或纠纷规定进行听证，并确立案卷排他性原则等一系列听证的原则与规则。
第四，要建立申诉前置的诉讼衔接制度。从更长远的角度来看，应以申诉制度作为诉讼的前置程序的制度选择为宜。对于申诉制度与诉讼制度的具体衔接可做以下处理：首先，学生在对学校的处理或处分不满时，应当向学生申诉处理委员会提起申诉。受理学生申诉以后，学生申诉处理委员会如在规定时间内不做任何处理决定，那么学生可以针对该部门的不作为，向上一级教育行政机关申请行政申诉。如果学生对行政申诉的结果仍不满意，则可以向人民法院提起诉讼，依靠行政或司法监督纠正申诉受理机关的不作为。其次，如果学生对校内申诉处理结果不服，应根据不同情况采取不同的救济措施：①对涉及人身权、财产权的学校行为可以提起诉讼。②如果学生受到的处理或处分直接关系到其获得或失去作为学校成员这一特定身份，如取消入学资格、开除学籍等，由于这将改变学生的实质性地位，对学生受教育权利影响重大，学生有权提起行政诉讼。③如果学生受到的是学校基于自身内部的教学管理制度而做出的纪律处分，而且这种处分不足以改变其作为学校成员的实质性地位，此时申诉委员会对申诉请求所做的决定应视为终局决定。[15]
第五，要赋予省级教育行政部门对校内学生申诉处理决定的变更权。学生校外行政申诉制度在一定意义上类似于行政复议制度。应参照我国《行政复议法》，赋予省级教育行政部门对校内学生申诉处理决定的变更权。根据行政机关做出复议决定的原则，省级教育行政部门可以分以下情况对学生的申诉做出处理决定：①学校的管理行为符合法定权限和程序，适用校规正确、事实清楚，可以维持原决定。②学校的管理行为明显存在着程序上的不足，责令被申诉人进行补正。③对于被申诉人不履行法律、法规和规章规定的职责的，责令限期改正。④学校的处理或处分适用学校规章制度错误的，可以直接变更原决定。⑤学校的处理或处分所依据的学校规章制度与法律、法规及其他规范性文件相抵触的，可直接撤销原决定。
（二）健全教育行政诉讼制度
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