2013年11月，中国共产党第十八届中央委员会第三次全体会议在北京召开。会议通过了《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》，确立新时期全面深化改革的总体目标是完善和发展中国特色社会主义制度，推进国家治理体系和治理能力现代化。会议召开以后，教育部认真贯彻落实会议精神，提出了深化教育领域综合改革，加快推进教育治理体系和治理能力现代化建设的改革目标，正式开始了由教育管理向教育治理转变的进程。
（一）转变政府职能，推进政府依法管理教育事务
积极转变政府职能，推进政府依法管理教育事务是实现依法治国，建设社会主义法治国家的基本要求。十八届三中全会以后，教育部针对原有教育管理体制的问题，制定了全面提升教育治理能力的改革方案。
1.实现政府教育职能的重组和优化
为了进一步落实简政放权的目标，首先，教育部进行了行政审批制度的改革，通过建立规范的教育行政审批制度，取消和下放了一大批审批事项；其次，大大减少了对学校的项目评审、教育评估、人才评价和检查事项；最后，进一步明确了中央和地方在教育管理上的分工，有效扩大了省级政府的教育统筹权。在改革的过程中，教育部还强化了制定国家教育标准，加强教育质量检测和实行教育督导的职能。
2.建立科学民主的决策机制
科学民主的决策机制是提高教育行政决策质量和水平，确保教育事业顺利开展的前提条件。在全面推进依法行政的改革过程中，我国逐渐建立了公众参与、专家论证、风险评估、合法性审查、集体讨论决定的重大教育决策法定程序，并且通过座谈会、听证会、网络平台等方式，广泛听取公众和社会各界的意见建议。此外，教育部还积极推动建立了教育重大决策合法性审查机制、重大决策终身责任追究制度及责任倒查机制的改革尝试，这些改革措施的推行，有力地提升了教育决策的科学化和规范化水平。
3.建立健全教育行政执法机制
长期以来，各级教育行政部门运用执法手段管理教育的意识不强、执法职责不清、执法能力不足、执法程序不健全等问题一直存在。针对这些问题，教育部提出了完善教育法律法规执法体系，规范教育行政权力行使程序的改革目标，要求加大教育行政执法力度，遵循法定职权与程序，运用行政指导、行政处罚、行政强制等手段，依法纠正学校的违法、违规行为，保障教育法律和政策有效实施。2014年起，我国逐渐开始了教育行政体制改革的试点工作，参加试点的上海、青岛、深圳等地的教育部门通过梳理教育行政部门的执法依据，明确和落实执法责任，整合调整行政执法力量，设立了专门执法机构或者队伍，探索了教育新政执法机制，逐渐建立起规范化、制度化的教育行政执法程序。
4.推行权力清单和责任清单制度
权力清单制度是全面推进依法行政、建设法治政府的基本要求。十八届三中全会以后，为了进一步明确各级政府工作部门职责权限，形成边界清晰、责权一致的政府职能体系和科学有效的权力监督机制，我国逐渐开始了建立教育行政权力清单和责任清单制度的改革尝试，通过政府公报、政府网站等便于公众知晓的方式，向社会全面公开教育及相关政府部门职能、法律依据、实施主体、职责权限、管理流程、监督方式等事项，为公民、法人或者其他组织提供优质服务，让权力在阳光下运行。在教育部的推动下，一些地方还开展了负面清单管理的试点，使学校可在清单之外自主地行使办学权。
（二）推进政校分开，实行学校自主办学
1.依法明确和保障学校的办学自主权
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