第一，他提出了非常严格的史料怀疑和批判的原则，亦即对史家收集到的一切史料都不能轻信，甚至对曾经亲自参与过某个历史事件的当事人或目击者提供的证词也不能轻易相信，因为消息提供者的主观倾向与个人的局限容易歪曲事情的真相。
在修昔底德之前，希腊已经有一些史家提出了史料批判的原则，但只是笼统提出而已，并没有对处理方法进行具体的制定。比如，希罗多德是修昔底德之前的史学家，他对传说史料的局限性已有清醒认识，在《历史》中两次指出他并不完全相信自己收集的传说材料。[194]希罗多德告诉读者自己只是一个客观的录入人，但并不等于相信他录下的人事。他告诫读者同样不要轻信，甚至不要完全相信他的整本书中的故事。这当然是极其可贵的史料批判精神，也是令人肃然起敬的客观写作原则。[195]由于秉持这样的精神和原则，他在书中的许多地方还对同一件事列举了他听来的两种以上的说法，并做出个人的判断。“我是不相信这种说法的”是他在《历史》中使用频率较高的一句话。然而，他仍然将他并不相信的史料作为自己的叙述史的素材，把这样做看作是自己的“职责”。这显然是早期希腊史学所特有的一种朴素、客观的处理方法。
到了修昔底德这里，希罗多德的处理方法通不过了。历史家不仅是所见所闻的记录者，而且还应是真实信息的提供者。而在史书中要提供真切的历史信息，就需要对收集到的史料进行一番调查核实、去伪存真、去粗取精的提纯过程。在修昔底德看来，没有经过这样一个证实或证伪的检验过程，像希罗多德一样把听到、见到、读到的拿来就用，历史记载将是不可信的。
他在第1卷中特别就这一点展开了说明，指出：一般人都有轻信的弱点，容易接受并相信符合自己胃口的传说，容易对模糊不清的远古时代和直接经历过的当代历史产生错误的猜想。人们为什么容易轻信？他的解释是原因在于寻找真理需要花费人们的时间和精力，也就是说真理不是一块铸好的硬币，拿来就能用，人们必须为真理付出代价，而大多数人是不愿为此花费时间和精力的。所以他认为，那些很受人欢迎的诗人往往夸大他们所说事情的意义，最初的历史家即散文记事家则关心听众的反应要胜过对历史真相的注意，于是历史真实就被弃而不顾了。[196]所以，被大多数人轻信的诗歌和历史故事是不可信的，这里面也包括“历史之父”希罗多德。
修昔底德的这种认识并非没有道理。由于散文记事家处于希腊史学刚刚从神话传说中脱颖而出的时期，没有多少文字史料可以借用，也没有形成成熟的治史观念和历史表述形式，因此包括希罗多德在内的散文记事家不得不在一定程度上仿效民间的游吟诗人或说书匠，用大量的文艺手法、奇闻轶事来取悦听众，代价是牺牲了历史学的严肃性和准确性、主题的专一性。这是史学早期发展过程中不得不经历的幼年阶段，应该是可以理解的。在这方面，修昔底德由于严格的史料批判精神而对希罗多德等人做了过分的责备，因此需要专门为希罗多德做一点说明。
希罗多德《历史》体现的史学形态是一种准范式的前学科形态，即尚未形成像修昔底德等史家所具有的那种明晰的关于史学必须求真的规定、史料的限定性以及成型的体例、体裁和表述形式。由于希罗多德等人的作品缺乏一定之规，所以与后期古希腊罗马的史作在形式和内容上存在明显差别。这也是在希罗多德之后没有见到希罗多德的模仿者的原因。
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