民国成立后，1912年8月公布了《内务部厅司分科章程》，明确规定内务部的组织结构和职权划分，其中下设卫生司，管理全国的卫生事务；卫生司分设四科，第一科负责管理关于卫生会、地方卫生组织及病院事项和有关公共卫生的事项；第二科负责管理关于传染病、地方病的预防及种痘事项和有关车船检疫事项；第三科负责管理关于医士、药剂士业务的监查；第四科负责检查药品及卖药营业的事项。[80]1913年初，内、外城巡警总厅合并为京师警察厅。根据1914年8月颁布的《京师警察厅官制》规定：“京师警察厅直隶于内务部，管理京师市内警察、卫生、消防事项。”京师警察厅下设五处，其中卫生处负责管理道路、沟渠的清洁事项，保健防疫事项和医术化验事项。[81]卫生处分设三科，第一科负责保持环境卫生，主要事务为：公共道路清洁、配置及监查清道夫役和水车、土车；管理容置尘芥和污物的器物和场所等设备；告诫及检查住户扫除；修缮管理公共沟渠及水井的浚泄；清洁、消毒排泄水沟；检查私有沟渠、水井；公共厕所便池的设置、修缮及清洁、消毒以及缴纳税捐；管理肥料的搬运、晾晒和囤积。第二科负责有关医学事务的管理，主要事务为：检查管理医师、产婆及其他属于治疗营业；管理药品及配置药剂营业；管理有关毒药、药剂、着色料的限制；检查管理饮食物及其制造场所并庖厨用具；断诊娼妓健康；检查管理屠兽场、畜舍及毙兽事务；监督娼寮、剧场及公共营业处所的卫生；预防、检察传染病及兽疫；进行种痘；管理棺尸停放处所及墓地埋葬。第三科主要负责体检和化验事项，主要事务为：考验巡官长警体格；诊治拘留所及待质人犯；紧急治疗道途疾病及死伤者；诊治及鉴定巡官长警因公受伤事项；视察公立私立医院；检验微生物；化验饮食物品及其器具；化验药品及毒物；化验化妆品。[82]
1914年4月，内务总长朱启钤奉命督办京都市政，不久即成立了京都市政公所。京都市政公所的成立标志着市政管理从警察行政中独立出来，北京出现了新型的专业的市政管理机构。京都市政公所与京师警察厅共同管理北京的公共卫生事务，但据时人观察，京师警察厅仍然起着主导作用，市政公所的卫生科及其所管的几个医院是帮助警察厅办理公共卫生的。[83]1928年3月，“为发展及改良京都市内公共卫生为宗旨”，由内务部、京都市政公所及京师警察厅联合设立了京都市公共卫生委员会，延聘六位公共卫生专家担任委员，但“本会专司筹划审订，京都市地方公共卫生改良事项仍由京都市政公所京师警察厅分别执行之”，而且随着北京政府不久即退出历史，该会也宣告解散。[84]北京政府时期虽然设立了专业的市政管理机构，但卫生行政并未完全自警政中独立出来，两个机构共同管理公共卫生也不利于开展连贯和协调的卫生工作。
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