1928年6月28日，南京国民政府下令北京改名为北平，并成立北平特别市政府。7月24日，何其巩市长在中山公园召开记者招待会时提到：“公共卫生极为重要，俾市内一般健康常常保持，故公共卫生亦为注意之事。”[85]8月北平特别市政府设立卫生局，卫生局下设三科。第一科分为文书股、会计庶务股和卫生教育股。第二科分为取缔股、检验股、清洁股，取缔股管理“关于饮食物及其用品之取缔事项，关于牲畜之取缔及屠宰场事项，关于其他有关于卫生营业之取缔事项，关于卫生稽查、卫生巡警之训练管理事项”；检验股管理“关于卫生试验所事项，关于饮水食料之化验事项，关于药品之化验及取缔注册给照事项，关于付托医学、化学之化验及细菌之检查等事项”；清洁股管理“关于道路、沟渠及河流池沼之清洁事项，关于垃圾之处置事项，关于清道队、水车队、巡查队、沟工队之管理事项，关于厕所之改善并管理事项”。第三科分为医务股、统计股、防疫股、保婴股，医务股管理“关于医师、医士、护士、牙医、镶牙生、助产士、接生婆、兽医士、药剂士、公私立医院、诊疗所、中西药商之取缔及发给执照事项，关于市立各医院及娼妓检验所之设计及监督事项，关于接生婆讲习所之筹设及监督事项”；统计股管理“关于死亡及出生登记事项，关于疾病之登记事项，关于婚嫁之登记事项，关于生死之疾病统计之汇编及保管事项”；防疫股管理“关于传染病之预防事项，关于种痘及预防接种事项，关于狂犬病之预防等事项，关于发给出殡执照事项”；保婴股管理“关于审核出生及死亡之调查事项，关于产科医师、助产士、接生婆等之管理事项，关于接生婆之训练事项，关于婴儿卫生事项”。[86]
北平市卫生局是独立于警政机构并与其平级的卫生行政机构，但由于卫生处罚的法律依据是《违警罚法》，因此在执行处罚时仍须与公安局商议，并且由于卫生涉及行政事务的许多方面，具体工作还时常需要得到其他部门的配合才能顺利开展。卫生局事务冗杂，经费却难以保障，且行政人员人数过多，“只顾发放薪金，事业费便无着落”[87]。以致1930年4月北平市政府因财政支绌而裁撤卫生局，将其归并至公安局，改设卫生科，后又改编为第五科。1932年7月，因裁减经费第五科缩编为卫生股，隶属第二科。[88]在这一时期，北京的市政府更迭频繁，从1928年6月至1933年6月，先后有六人出任北平市长，或实际行使市长职权，最长者不过两年，最短者仅有一个月。[89]市政机构缺乏稳定性也影响了卫生行政工作的开展。
1933年10月，“为整理本市卫生行政起见”，北平市政府决定裁撤原公安局卫生股，筹设卫生处，于11月1日正式成立。卫生处基本沿用了此前卫生局的组织结构，共分四科，第一科负责总务。第二科负责管理：关于死亡及出生登记事项，关于疾病之登记事项，关于婚嫁之登记事项，关于生死疾病统计之汇编及保管事项，关于发给抬埋执照事项，关于传染病之预防事项，关于种痘及预防接种事项，关于狂犬病之预防等事项，关于卫生教育事项。第三科负责管理：关于街道清洁、垃圾处理事项，关于清洁工作分配及监督事项，关于饮食店铺、摊担检查事项，关于饮料检验消毒事项，关于澡堂、浴室、理发馆、戏院及公共卫生检查事项，关于公厕改建及检查事项，关于卫生工程设计事项。第四科负责管理：关于医师、医士、护士、牙医生、助产士、接生婆、兽医师、药剂师、公私医院、诊疗所、药商之取缔及发给执照事项，关于市立医院诊疗所及娼妓检验所设计及监督事项，关于接生婆之训练及监督事项，关于妇婴卫生事项，关于学校卫生事项，关于工厂卫生事项。[90]
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