科学之士，一生专攻征实之学，其心思为物质所拘束，而于人心之高尚一部，超物质而通帝天者，渐消失于不知不觉之中，迨为时既久，则对于灵界之事物，漠然不动于衷，虽欲强作心灵之思想，亦因久不相习而无能为力。[5]
也是从科学与宗教所关注的对象不同这一立场出发，针对科学论者有人批评《圣经》记载着荒诞不经的故事，基督徒朱经农则认为，这种以科学理论来对待《圣经》的做法是不对的，因为宗教家利用《圣经》所要解决的问题，与科学家所要解决的问题不一样，他说：“科学家不应以近代科学的理论来批评圣经，因为圣经所要解决的问题，不是科学的对象。同样，宗教家也不要以为圣经包括一切科学的原理，将现代科学原理在圣经上找不到根据的都斥为异端邪说。”[6]另一位基督教学者李荣芳也指出：“圣经的记者，无非用当代不完全的科学，发挥他那精神的信仰。他所注意的是伦理，是灵性，是永生，是上帝，我们也只可在这类属灵的经验上留意。”[7]
基督教思想家赵紫宸则从方法学上说明科学与宗教、特别是基督教的差别，指出科学固然是讲实验，那对人来讲只是外在的证明，即外证，而宗教强调内在证明，即内证，就是要通过自身的体验达到证明。而这个内证，不是像科学实验那样需要什么实验仪器之类，而只需要内心的“至诚”，即必须从“至诚”开始。他说：
这个至诚，也极难解释的，理所不全解，事所必须具，入乎天然圜中，出乎科学的境外，岂不是宗教么？岂不可谓上帝的转移感化么？这点至诚，人也，人人可具足也，你不能不承认有神化者在，有此物在，名之曰神，曰上帝，曰天然，自无不可，名虽不同，而实则存在。所谓曰神，曰上帝，曰天然也者，岂不因此而得客观的存在？[8]
当时，许多科学论者以进化论来批判基督教的神创论，从而否定基督教存在的合理性。赵紫宸就认为，在相信进化论的西方科学家中，不乏同时相信上帝的人，他们正是将万物的进化看成是上帝的工作。他说：“科学界中蜚声之士，有深信进化论可为今日解释宇宙状态最佳之理想，而于同时又信仰上帝为万物之大本。宇宙悉由其经营，自始至终，维持调度，未尝稍止。特以进化为其造化之方法，故愈究进化论之妙理，则愈显上帝化工之奇妙。”[9]贾玉铭则认为，世界的进化，并非简单的物质的进化，其中一定包含有神性的进化。如果没有神性的进化，就不可能有真正的进化。因此他指出：“天演的进化，如果真是事实的话，应当是有神的进化，没有神性的进化，实无真正的进化可言。”[10]很显然，这种观点与赵紫宸的观点基本一致，都将进化看成是上帝的作用。
而曾任燕京大学校长的吴雷川从历史主义的立场出发，认为科学与宗教（基督教）从根本上讲并不存在冲突或对立的问题，因为宗教是进化的，科学也是进化，早期的科学在今天看来如同魔术，同样，宗教也是处在不断进化之中，今天看到了某种程度上的宗教与科学的冲突，并不意味着宗教永远如此，它会随着社会的进化而进化，并与科学相协调。因此，他说：
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