另外，林语堂对圣约翰大学的神学教育也极为不满。从根本上讲，林语堂是不喜欢神学或哲学的。神学或神哲学都带有教会或经院学派的独断。他甚至提到“有一位教授想用如果这里有A及B，则二者之间必有一条联系线C，来说服我相信圣灵在神学上的必要。这种经院派的傲慢和精神的独断，伤害我的良心。这些教条产自迂腐的心，处理灵性的事情像处理物质的事情一样，而甚至把上帝的公正相提并论。那些神学家这么自信，他们想他们的结论会被接受成为最后的，盖上了印装入箱子保留至永恒。我当然反抗。这些教条中有许多是不相关的，且掩盖了基督的真理”。他也因此“失去对信仰的确信，但仍固执地抓住对上帝父的信仰”。[22]他从圣约翰毕业到清华大学任教时因此仍然主领主日学班。但是，北京当时是陈独秀和胡适等人发动新文化运动的中心，在新文化运动和科学化运动及爱国浪潮的冲击下，林语堂对上帝之父的信仰开始发生了动摇，最后在深谙中西文化、激烈批评基督教的辜鸿铭思想的影响下，“回到了中国的思想主流”，[23]这也意味着他自动离弃了基督教。
很显然，林语堂在清华大学任教时期开始离弃基督教信仰，固然有基督教会教育对中国文化的隔离和经院神学独断等原因，更重要的是当时社会、政治和文化主潮流的影响与驱使。这使他真正实现了他早年期盼的作为“一个有知识的中国人来说，加入本国思想的传统主流，不做被剥夺国籍的中国人”的愿望。而他所谓“回到了中国的思想主流”到底是指什么？这可以从他离开基督教信仰之后的表现得到说明。
林语堂自言自从清华大学执教时期离开基督教信仰后，“埋头研究中国文学哲学，对教会给我的教育及其他一切均生反感”，因此而成为一名人文主义者。[24]他在《四十自叙》中甚至提到“一生矛盾说不尽”，“出入耶孔道缘浅”，自解“亦耶亦孔”。的确，他自幼在牧师兼儒者的家父教导下读四书五经，[25]后来又深受儒家辜鸿铭的影响，且他正式离开基督教信仰的那一天也正是他的一位清华同事“根据儒家的人本观念”使他完全“相信人的理性足够改善自己及改善世界”的人文主义。[26]这些似乎都说明离开基督教信仰后的林语堂只是一位儒家人文主义者。其实，离开基督教信仰后的林语堂与其说是一位儒家，不如说是一位道家或道教徒。
首先，林语堂在离开基督教信仰后的三十年间最有代表性的作品反映出他的思想观念，都是以道家或道教为主导的。
《京华烟云》《风声鹤唳》和《红牡丹》等无疑是他这一时期最有代表性的作品。这些作品都反映了鲜明的道家色彩。正如他自己所说：
人间的东西都有来有往。能引起一般读者兴趣的是书里的人物。道家是何等人物，都在《京华烟云》（《京华烟云》）中木兰的父亲姚老先生，《风声鹤唳》中的老彭，《红牡丹》中的梁翰林身上表现出来了。[27]
尤其是他最重要的著作《京华烟云》更是“全书以道家精神贯穿之，故以庄周哲学为笼，引《齐物论》‘梦饮酒者，旦而哭泣，梦哭泣者，旦而田猎……是其言也，其名为吊诡。万世之后而一遇大圣知其解者，是旦暮遇之也’为格言”。[28]《京华烟云》开篇即上卷，标题就是“道家的两个女儿”。全篇虽然不是以姚思安为主角，但姚思安这位道家人物深深地影响了两位主角，即他的两个女儿。小说是这样描写姚思安的道家观念：
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