虽然6月2日没有发生流血冲突，但是问题并没有解决，国民党军警特务的高压使得局势更加恶化，学生运动也开始走上有组织有计划的轨道。发展到1948年3月，北平警备司令部接到中央电令，以学生联合会为中共策动的组织，各地均已查禁，而“北平学联尚在公开活动，应立即依法查禁”，即通知各学校查禁。[22]在3月29日，国民党军警包围北大沙滩区，查禁华北学联。北大等七校代表决议4月3日起总罢课，表示抗议，并组织保卫学联联合会。4月7日，北平警备司令陈继承以“华北学联首要分子，鼓动罢课罢工”的罪名，要求北大限期交出田余庆、柯在铄等12位学生，4月7日，警备司令部秘书主任汪道涵和北平市警察局局长汤永咸亲临北大，向北大秘书长郑天挺出示警备司令部密函，要学校配合逮捕，郑天挺予以拒绝，双方争执不下。陈继承态度强硬，公开宣称要做关麟征第二，不惜动武。北大校方找到何思源出面斡旋，才避免了军警的任意捕人，改由法院依法传讯。[23]
当局还于8日晚，派几十名特务暴力袭击了北平师范学院，击伤多人，逮捕8名学生。各校学生组织起来集结5000余人到北平行辕请愿。北大教务长郑华炽、训导长贺麟、秘书长郑天挺、清华代校长叶企孙约同师院训导长温广汉等与陈继承交涉，要求释放从师院逮捕的8名学生。何思源从中调解，陪同主要大学的负责人前往北平警备司令部要求陈继承放人。陈故意回避，何就同各校代表赶赴北平行辕查问。当时李宗仁不在北平，行辕参谋长王鸿韶立刻将陈叫去追问，陈继承迫于北平行辕的追查和各校师生的要求，不得不于当晚将学生释放。
李宗仁在南京得到北平学潮的消息，即于15日致电北平党政军负责人，指示说：“处理办法，仍宜本过去一贯以疏导说服为主。当兹生活困难，社会不安之极，学生由于苦闷之情绪，一遇刺激，自不免容易发生轨外行动，授奸人以挑拨煽惑之机会。务望兄等与院校协调一致，妥慎处理，使学生了然政府之困难与爱护青年之意，自可觅取解决之途径。至伤人滋事各节，应即依法处理，以示尊重法治之精神。”在此电令下，陈继承、吴铸人与何思源于15日向师院道歉：“查本月9日贵院所发生不幸事件，以事出意外，未能及时防护，至为歉仄。今后自当尽力防止，不再发生类似事件。”[24]于是事件逐渐平息。
因为在对待学生运动的态度上，何与陈继承、吴铸人存在矛盾，“何思源与陈继承唱对台戏，引起陈的极大不满。陈继承大发牢骚，说何思源向学生卖好，给他制造困难，是为共产党张目云云”。[25]何也曾说明自己对于学潮“力持和平，备受误会，诬为袒护北大，放纵共匪”。[26]可见双方对立之尖锐，所以何在这份给教育部的电报中做这样的自辩。
1948年5月，李宗仁当选副总统，长驻南京，北平行辕裁撤，吴铸人竞选监察委员，也离开北平，6月，何思源被免去北平市长。此后，傅作义任华北“剿总”，坐镇北平，陈继承为“剿总”副司令兼北平警备司令，傅与陈本来就有矛盾，于是，在学潮处理中，开始出现傅作义与陈继承的斗法。
1948年7月5日，流亡北京的数千名东北学生群集东交民巷，抗议市参议会通过的“征招全部东北（流亡）学生当兵”议案。傅作义虽然反对学生游行，但是面对学潮，他还是避免冲突，游行当天，傅作义“严令凡接近学生者，一律徒手，各级警宪官长，亦一再申戒不许流血，更无任何人下达开枪命令。警宪人员，自晨至暮，始终以打不还手，骂不还口之容忍精神。在十一小时之长时间中，忍饥忍饿，维护公共治安，虽学生行动激越，幸未发生任何意外”。[27]尽管傅作义有此指令，但陈继承认为局势严重，以电话请傅作义派部队警备，傅指示“士兵不准带枪，更不许打学生”。陈继承即调中央系的青年军第208师搜索营及装甲车4辆全副武装先后到达现场，[28]随后局势开始紧张，最后失控，青年军开枪射击，酿成惨案，学生死8人，无辜商人死1人，伤48人。[29]
“七五”惨案，引起社会舆论的强烈谴责。7月9日，华北13所院校、东北在平各院校学生万余人汇聚在北大民主广场，举行“七五”惨案哀悼控诉大会。会前，万余学生高举“东北华北各院校反剿民反屠杀要读书大请愿”的大旗，先到李宗仁官邸请愿。李因结束行辕事务，正好在北平。李宗仁三次接见学生代表，他表示：“自己有职无权，只能尽量帮忙，向地方及中央转达。”最后同意请愿代表提出的严惩凶手，撤销对集会、言论、请愿的禁令，厚恤死难者家属，建立临大临中等10项要求。近午，警备司令部派来4辆装甲车到李宗仁官邸附近，引起学生强烈抗议，李宗仁表示保证学生安全，并撤走装甲车。[30]事件发生后，傅作义于次日发表谈话，表示同情学生，答应对肇事头目撤职查办，厚恤死难者家属，尽力解决东北学生的生活和就学问题。[31]傅一面派人处理善后，一面致电南京政府行政院请求“处分”和“引咎辞职”，迫使蒋介石不得不撤换了陈继承和市政府其他几个中统、军统特务骨干。最后，蒋介石被迫撤了陈继承北平警备总司令的职务。青年军208师也被调离北平。
“七五”惨案后不久，国民党开始严厉镇压学生运动，国民党青年部长陈雪屏奉密令成立“清匪除奸委员会”，随即发生“八·一九”事件，传讯、拘捕250余名学生，送特别刑庭“法办”。中共也开始转移学生，国统区的学生运动转为配合解放军进军，防止国民党破坏城市，协助解放军接管城市，由此学生运动开始步入低潮。从1946年末的反美抗暴风潮到1948年“八·一九”大迫害，整个学潮的过程中，都可见中央系与非中央系面对学潮问题的宽严之别。
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