瘟疫最直接的后果不外是生病或死亡，因此，人口的损伤无疑应是瘟疫众多影响中最直接和明显的。然而，由于瘟疫乃至疾病一直是史学界缺乏关注的因子，故长期以来，其影响也很少受到应有的关照，以致今天对瘟疫究竟对人口具有怎样的杀伤力，或者对人口的增长具有怎样的影响等问题，基本仍是一头雾水。由于历史上缺乏系统而准确的人口统计，对瘟疫的人口影响也大多以“死人无算”、“疫死者几半”等词笼统言之，因此几乎不可能对瘟疫造成的人口损失率做出精确的判断，我们只能尽量地挖掘现存的相关资料，通过排比分析，对清代江南人口的损失状况做出相对清晰的说明。
（一）个案研究
首先应该指出，不同时期不同地区瘟疫造成的人口损失存在较大的差异，有的死亡人数较多，比如，“乾隆二十年己亥，吴下奇荒，丙子春，复遭大疫……过夏至病乃渐减，死者不可胜计”[2]。有的则病死率很低，比如，光绪二十九年（1903年）六月间，“杭州城内，时疫流布，几于无人不病。大都发热头眩，热退则四肢发红斑，然死者甚少”[3]。清代江南疫死人数较多、涉及面较广的瘟疫年次主要有：康熙四十八年（1779年）前后、雍正十一年（1733年）、乾隆二十一年（1756年）前后、嘉道之际、咸同之际、光绪十三年（1887年）左右、光绪二十八年（1902年）等。其中又尤以嘉道之际和咸同之际最为严重。而且就是同一次瘟疫，在同一个较小区域内，比如县、乡乃至村，疫情也不是平均分布的，甚至近在咫尺，也差异明显。比如，嘉庆年间，在娄县和嘉善交界的枫泾发生了这样一则故事：
嘉庆某年，夏古圣堂巷旁有人夜卧楼上，畏热启窗取凉。夜过半，闻喁喁如人语声，楼故临街，起而窥之，不甚了了，心知为鬼，急以溺器投之，忽作鬼啸声，向南而去。 既而疫大作，凡自巷以北，无一人染者。[4]
这一故事虽未必真实，但至少反映出存在着疫情分布不平衡的现象。又如，在嘉道之际的大疫中，在常昭，“忽甚于彼，忽甚于此”[5]。同治二年，常熟又大疫，“人死甚众”，但《庚申避难日记》作者所在地较轻，只是“病者甚多”[6]。因此，即使是在清代江南这样一个在整个历史进程中比较狭小的时空范围内笼统地谈论瘟疫的人口影响可能也没有多少实际意义，故还是先根据掌握的资料情况以及瘟疫本身的影响力，选择以下八个时空点，来探析瘟疫对人口的具体影响。
1.康熙二年（1663年）松江之疫
据叶梦珠记载：
康熙二年癸卯六月至十月终，疫疾遍地，自郡及邑，以达于乡。家至户到，一村数百家，求一家无病者不可得；一家数十人中，有一人不病者，亦为仅见；就一人则有连病几次，淹滞二三月而始愈者。若病不复发，或病而无害，则各就一方互异耳。此亦吾生之后所仅见者。[7]
这一记叙与姚廷遴在《历年记》中所述基本一致[8]，姚之妻子就几度“死去复苏”，而且全家感染，“家无健人”。据姚称，上年（1662年）八九月份，该地曾“疫痢盛行，十家九病”。当年，“春雨连旬，夏间甚凉，至秋疾病时行，连村合户俱病倒”。具体为何种疾病，并不明确，不过从感染率如此之高这一情况来看，仍是菌痢的可能性较大，因为痢疾杆菌生存能力较强，且不能产生持久的免疫力，菌群与菌群之间无交叉免疫力，容易重复感染和复发。[9]像淹滞二三月而始愈者，应该就是由于急性痢疾治疗不彻底而引起的慢性菌痢患者。菌痢虽感染率较高，但预后较好。叶未提到人口死亡，而姚一家亦仅其年迈的母亲病故，另外其亲属中还有三人罹难。可见，这一瘟疫，虽然发病率极高，病死率却低，对人口影响也较小。
2.康熙十七年（1678年）华娄之疫
康熙十七年前后，苏南和浙西不少地方都出现了疫情，不过，各地人口死亡情况多未获见有资料提及，惟《阅世编》云：
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1860江南瘟疫