1912年2月底至3月初，鲁迅应教育总长蔡元培邀请到南京临时政府教育部任部员，但政权随即被北洋军阀袁世凯篡夺，5月初，鲁迅随教育部北迁。1912年5月起在北洋政府教育部任部员，属社会教育司第二科，1912年8月起被任为佥事。8月26日，教育部公布了第一批经过任命的科长，鲁迅为社会教育司第一科科长。因原第一科此时已被并入内政部，鲁迅原属的第二科被改为第一科了。1925年8月，因积极支持北京女师大学生运动，鲁迅被章士钊非法免职，1926年1月始恢复佥事职务，但被派“在秘书处办事”。[37]
五四运动前夕，鲁迅的主要精力开始转向新文化运动，反帝反封建斗争成了鲁迅生活的主要内容。但当时他唯一的社会工作是在教育部任职。他领导的社会教育司第一科，算是当时关于文化方面的最高管理机构。
鲁迅很早就十分重视文学艺术的教育作用。他在1908年写的《摩罗诗力说》中，就着重提倡反侵略反压迫的抗争文艺，用以启发人民的觉悟，鼓舞人民的斗志。蔡元培提倡美育，鲁迅大力支持。1912年6月，教育部举办“夏期美术讲习会”，鲁迅负责讲《美术略论》，连续讲4次。蔡元培辞去教育总长职务后，守旧派就企图取消美育。接着，当时正在举行的全国临时教育会议果然做出删除美育的决议。鲁迅对顽固派的这一行为十分愤慨，他在7月12日的日记上写道：“闻临时教育会议竟删美育，此种豚犬，可怜可怜！”[38]
1913年2月至5月，北洋政府教育部召开读音统一会，任务是审定字音、核定音素和制定字母。鲁迅与许寿裳等都被教育部选聘为会员，参加讨论。会上意见分歧很大，到讨论制定字母方案时出现三派，各执己见，互不相让。最后，由鲁迅与许寿裳、马裕藻等共同建议，主张以会上审定6500多字的字音时使用的记音符号作为字母，“迨表决后，竟得多数”。[39]这套字母，就是为中小学一直沿用到中华人民共和国成立的“注音字母”。在拉丁化的拼音字母制定和使用前，它在帮助学习文化方面起过很大的作用。
从1913年3月起，鲁迅具体负责全国儿童艺术展览会的筹备工作，到次年4月才告完成。1914年4月21日到6月20日，展览会共展出近两个月，展品主要是全国各地小学生的字画作业及他们的手工作品，如刺绣、编织、玩具等。展出期间，鲁迅经常到会场值班办公，甚至星期日也不休息。展览结束后，鲁迅等负责从展品中挑选出一批比较优秀的作品，送到巴拿马万国博览会展出。
1916年2月，鲁迅又被派参加筹备全国专门以上学校成绩展览会，忙碌了一两个月。这个展览会于当年3月15日至4月14日展出，参加展出的有全国68所学校送来的展品。
1915年9月，鲁迅被派担任通俗教育研究会小说股主任。这个通俗教育研究会是秉承袁世凯的旨意组成的，规定小说股的任务是编译和审核“寓忠孝节义之意”的小说，目的在于进行奴化教育。鲁迅当然不听命于帝制派的策划，主张“有权在手，便当任意作之”，在当时可能的条件下，主持制定了另一套《审核小说之标准》，其中，教育小说的审核标准规定如下：“关于教育之小说，理论真切，合于我国之国情者，为上等。词义平稳者，为中等。思想偏辟或毫无意义者，为下等。”其他种类小说的审核，也以“有益国民之常识”“理想高尚纯洁”且具有科学思想和进步思想作为标准，把通俗教育研究会规定的什么“寓忠孝节义之意”的标准完全弃置不顾。
在北洋政府教育部工作期间，花了鲁迅很大精力的另一项工作是整顿、改组、建设京师图书馆，帮助建立供普通群众和儿童使用的通俗图书馆，建立中国历史博物馆。
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