南北统一后，洪述祖任内务部秘书，顶头上司是内务总长赵秉钧。后来唐绍仪、陆征祥两届总理免职，赵改任总理，洪仍呆在内务部。1912年9月，洪以中央特派员身份到上海等地对会党力量进行调查，事先托人给应夔丞写了封介绍信。两人同是青帮“大”字辈大佬，又有中间人介绍，一见如故。当时因为参与湖北兵变，应正被副总统兼湖北都督黎元洪通缉，洪述祖往来奔走，为应争取到特赦及江苏驻沪巡查长职务，要他出力解散扰乱治安的会党徒众，并陪同应和共进会副会长张尧卿等人入京，期间应受到赵秉钧和袁世凯接见。
程德全、应德闳公布的证据中，洪、应往来函电极多，但起先谈的都是解散会党以及国会欢迎团等事。2月1日，洪突然在信中说“大题目总以做一篇激烈文章方有价值也”，并叮嘱应阅信后烧毁，应却没有照办。第二天，洪追加一信，称“要紧文章已略露一句，说必有激烈举动，吾弟须于题前径密电老赵，索一数目”。同日，应以专用密码给赵秉钧发去密电，第一次提到宋教仁，称，“孙黄黎宋运动极烈，黎外均获华侨资助，民党皆主举宋任总理。已向日本购孙黄宋劣史，黄兴下女合像，警厅供抄，宋犯骗案刑事提票，用照片辑印十万册，拟从横滨发行。”
2月4日，洪寄出两封快信，告知应的电报送到赵秉钧处后，转交他面呈总统，袁世凯“阅后色颇喜，说弟颇有本事，既有把握，即望进行云云”（应发给赵的密电洪知道内容，可见是赵转交给洪，而赵对内容应该知情。）。此后洪屡次催促应寄出“宋骗案由、提票、影片（照片）”，毫无结果。终于有些不耐烦的他3月6日致信应，“足下明眼人，必须设一妥法（总以取印件为是），或有激烈之举。”一周后的密电中他承诺应“毁宋酬勋位”。
同一天应致信洪，主动提出了“去宋”计划：“事关大计，欲为釜底抽薪法。若不去宋，非特生出无穷是非，恐大局必为扰乱。急急进行，复命有日。请俟之。”第二天他给洪发电报说，“梁山匪魁顷又四处扰乱，危险实甚，已发紧急命令设法剿捕，乞转呈，候示。”
18、19日，洪两次密电要他“应即照办”、“事速行”。21日凌晨两点，宋教仁遇刺数小时后，应发出密电称“所发急令已达到，请先呈报”。9点，他又发密电称“匪魁已灭，我军一无伤亡，堪慰，望转呈”。两天之后应夔丞被捕，得知消息，洪述祖即刻逃往青岛德租界避祸。5月3
日，他发表通电自辩，“一年以来，党争日剧，怪状百端，使全国陷于无政府地位，心窃痛之”，所以想“暴宋劣迹，毁宋名誉，使国民共弃之，以破其党派专制。”，但他“并无夺其生命之意”，不应该把“毁宋”二字当作谋杀的证据。
国民党元老张继在回忆录中说，宋案发生不久，他和人去拜访赵秉钧，恰好北京警察总监王治馨也在。王说洪述祖南行前面见袁世凯，问：“国事艰难，不过是二三反对人所致，如能设法剪除，岂不甚好？”袁说：“一面捣乱尚不了，况两面捣乱乎？”宋被刺后，洪又见袁世凯一次。袁问究竟是谁杀宋，洪回答：“这还不是我们的人替总统出力。”袁面露不悦，洪出总统府即告假赴天津养病。二十多年后，曾任袁世凯机要秘书的张一麐回忆，“宋案之始，洪述祖自告奋勇谓能毁之。袁以为毁其名而已，洪即嗾武刺宋以索巨金，遂酿巨祸。”
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