刺宋案悬而不决，与刺宋案有关的人，却在短短6年间俱归尘土。会审公堂预审结束后，武士英被押送到上海地方检察厅，之后检察厅接到程德全命令，将他转移到六十一团兵营。上海检察厅厅长陈英原定于一周后进行特别法庭的第一次预审。不料预审前一天早晨武突然发病，医生赶到现场时已经气绝，验尸结果是“属非毒而毙”。越狱之后，应夔丞逃到青岛与洪述祖碰面，发表要求“平反冤狱”的通电，声称宋教仁是叛乱（“二次革命”）祸首，武士英乃为民除害，而他自己“因维持共和而几丧其身”——某种意义上默认了自己与暗杀的关系。按袁克文的说法，应想向袁世凯效忠，请洪述祖引荐，袁假意答应赦免他的罪。于是应“放胆
入京”，据说还曾向袁讨要勋位和赏金。次年1月，他从北京去天津，火车开到杨村突遇刺客，被刺于车中。袁克文承认这是袁世凯主使。
避过风头之后，洪述祖化名前去上海隐居，离开青岛前以一万五千两白银的价格将一座别墅抵押给了一位德国商人。“一战”中日军占领青岛，把别墅改造成料理店。德国商人找到了洪述祖，向他讨债。媒体的追踪报道暴露了洪的行踪。
1917年4月，他刚从公共租界的会审公堂交保获释，就被宋教仁15岁的儿子宋振吕以及秘书刘白捉住送官。两年后洪被北京政府大理院处以绞刑。在狱中他为自己写了两副挽联：“服官政，祸及其身，自觉问心无愧怍；当乱世，生不如死，本来何处着尘埃。”“入地狱乃佛语；知天命是圣言。”
牵涉进刺宋案后，赵秉钧自请免职，好不容易才获得袁世凯的批准。第二年春，他死在家中床头。对他的死因，历来有诸多传言，但多半认定袁世凯派人投毒。但赵秉钧之孙赵纯佑在1998年给族人的信中却说，家属亲见赵秉钧死于脑溢血，并没有所谓的七孔流血，“后人作传，妄加枝叶，引人猜疑袁因涉有加害之嫌，指为北洋集团离心之始。”
不过，等到南北议和，临时大总统之位易手时，孙中山又开始赞成内阁制，努力
使并非“置信推举”的袁世凯成为“神圣赘疣”。对于为什么主张内阁制，一年后宋教仁在国民党上海交通部的演讲说得很明白，“吾人则主张内阁制，以期造成议院政治者也。盖内阁不善而可以更迭之，总统不善则无术变异之，如必欲变异之，必致动摇国本，此吾人所以不取总统制，而取内阁制也。”在日记中，他曾指责孙中山做事“近于专制跋扈”。
南京临时政府成立，孙中山提交的第一份内阁名单未获通过，因为党内有不少人反对宋教仁出任内务卿，有些人甚至声言非把他逐出同盟会不可。这种声音，直到宋教仁被刺前也未完全消失。不管刺宋是不是袁世凯授意，事后来看他的确是最终受益者。
台湾史学家吴相湘综合各种史料提出，当时宋教仁、黄兴已计划在正式总统
选举中推举黎元洪，而由宋以国会多数党领袖身份出任总理掌握实权，将袁世凯
排斥在政府外。
宋教仁留给国民党参议、《民立报》社长于右任的遗嘱是，“诸公皆当勉力进行，勿以我为念，而放弃责任心。我为调和南北事费尽心力，造谣者及一班人民不知原委，每多误解，我受痛苦也是应当的，死亦何悔？”驻院陪护他的《民立报》记者周锡三曾听他在神志清醒时说，“吾不料南北调和之事，乃若是之难。时事如斯，奈何！奈何！”宋似乎认为，他的被刺只因努力调和南北而被误会。如此说来，他没有将袁世凯视为行刺的主谋，因为袁不可能在这件事上“误会”他。
更耐人寻味的是，宋教仁临终并未提及孙中山，反委托黄兴代拟一电发给袁世凯，慨叹“国本未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨”，冀望袁能“开诚心布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法”，“则虽死之日犹生之年。临死哀言，尚祈鉴纳。”
宋辞世后，国民党籍国会议员仍按原计划北上。1913年4月8日，民国第一届国会正式开幕。25日，参议院选举国民党籍议员张继为议长，王正廷为副议长。但历史已经悄然转入另一条轨道。据国民党籍议员邹鲁回忆，宋教仁死后，党内其他领袖不能北上主持大局，北京国民党本部群龙无首，不但不能联络其他党派，甚至统一本党也有困难。国民党原是联合各派而成，但老资格的同盟会远比其他派别激进，相对稳健的派别不以为然，加上局势低迷，许多人纷纷脱党。由梁启超等人策动，共和、统一、民主三党合并为进步党，在国会中声势顿增，国民党声势日减。
在某种意义上北京政府与国民党采取了相似的策略：一边就刺宋案作法律论争，一边准备着武力解决的方案。6月，袁世凯先发制人，借口李烈钧、胡汉民、柏文蔚等国民党籍都督曾通电反对向六国银行团借款，不服从中央，将他们免职。次月国民党发起“二次革命”，不到两个月偃旗息鼓。一度有望执政的国民党，再度成为流亡海外的革命党。
史学家唐德刚曾遗憾慨叹：宋教仁案“人证、物证均十分完备，在全国人民众目睽睽之下，如作公开审判，对中国由专制向法制转型，实在大有裨益。不幸原告、被告两造，当时均缺乏法治观念，思想都甚为落伍，舍法院不用，而使用枪杆，就使历史倒退，遗祸无穷了”。
宋教仁之死令人痛惜。诚然即使他就任总理，中国当时的诸多问题与危机也未必迎刃而解；然而这些问题与危机，或许会有一个负责任的政府承担；议会民主、政党轮替，或许会有机会在宪政框架内试验、成熟。他的被刺，使这一稍纵即逝的机会长久地丧失了。
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