豫王多铎领兵过河，去夺明朝的新都城。史可法邀请各镇守兵前来防御。谁知各镇的兵马都袖手旁观，只有高杰进兵徐州，沿河设防，并约睢州总兵许定国互相联络。不料许定国已经暗地给清军送款，他以接风为名诱高杰来到大营，把他灌得烂醉如泥。一刀将高杰杀死后，许定国当即赶赴清营报功。清军随即进拔徐州，直抵宿迁，刘泽清逃走。史可法飞书告急，南都反而催促史可法回来支援。原来宁南侯左良玉以入清君侧为名，从九江入犯，列舟三百多里。马士英非常担心，立即调史可法回来保卫。史可法只好奉命南归。刚刚渡江到达燕子矶，又接到南都的圣旨，以黄得功已经攻破左良玉，左良玉病死为由，令他速回扬州。史可法急忙返回扬州，正准备支援淮泗，清兵已经从天长、六合长驱而来。那时扬州城内的百姓都已经逃走，各镇兵马只有总兵刘肇基从白洋河带着四百人马赶来。清军攻城的时候，驻扎在城外的总兵李栖凤、监军副使高岐凤不战先降。史可法和刘肇基死守了几天，就被攻入。刘肇基在巷战中身亡，史可法自刎没有死，被一名参将拥出小东门。史可法大声喊道：“我是史督师！”话音未落，已经被清兵杀害。一直到第二年，史可法的家人才用袍子招魂，将他葬在扬州城外的梅花岭。
扬州已经被攻下，南都哪里还能保得住？清兵屠城后，下令渡江。总兵郑鸿逵、郑彩镇守瓜州，副使杨文骢驻扎在金山，听说清兵到来，只管乱放炮弹。清兵故意不进，等到夜深人静的时候，从上游偷偷渡江。几位军官直到天亮才知道清兵已经渡江，不敢再战，只好一哄而散。警报飞达南京的时候，弘光帝还在拥着美人饮酒取乐。听到这个消息，急忙收拾好行李，带着爱妃，从通济门出去，直奔芜湖。马士英、阮大铖等人也一并逃走。忻城伯赵之龙、大学士王铎等人大开城门，恭迎清军。清豫王多铎因为他们开城投降，特别加恩，禁止杀掠。休息了一天，就进兵去追弘光帝，明总兵刘良佐望风迎降。
那时江南四镇只剩下一个黄得功。他之前曾奉命攻打左良玉，左良玉死后，他仍然驻扎在芜湖。弘光帝赶到之后，黄得功不得已，只好出营迎驾。一天之后，清兵追到，黄得功率领水兵，渡江迎战。正在彼此恶战的时候，忽然听见刘良佐在岸上大喊：“黄将军怎么不早点投降？”黄得功不禁大怒，厉声回答：“你是明朝的将军，难道甘心降敌吗？”正说着，突然有一箭飞来，正中喉咙，霎时间鲜血直喷。黄得功疼痛难忍，料定支撑不住，竟然拔箭刺向咽喉，死在船中。总兵田雄见黄得功已死，就起了异心，一把将弘光帝挟住，又令士兵绑住弘光帝的爱妃，将他们一起送到对岸。这位风流天子只享了一年的艳福，就变成了俘虏，与爱妃一起被押到燕京，不久便丢了性命。江南一带，全部为清朝所有，清朝廷将应天府改为江宁府。大明朝这才算真正亡国了。
后来潞王朱常淓流落到杭州，声称监国。不到几个月，清兵到来，潞王无计可施，只好开门投降。明朝的左都御史刘宗周绝食身亡。鲁王朱以海在山东避难，后来流落到台州，被故臣张国维等人迎到绍兴，也声称监国。才过一年，绍兴就被清兵攻陷，朱以海逃到海上，死在了金门。唐王朱聿键之前因勤王获罪，被幽居在凤阳。福王在南都称帝的时候，将他释放。他流落到福建，被郑芝龙、黄道周拥立为皇帝，改元隆武。明朝的贼臣马士英、阮大铖私自投降清军，带清军进入仙霞关，唐王被掳，在福州自尽，马、阮两贼也被清军杀死。桂王朱由榔在尚书陈子壮等人的拥立下，也声称监国，后来在肇庆府称帝，改元永历。这永历皇帝与清兵苦苦相持，从清顺治三年开始，一直熬到顺治十六年，才寸土俱无，投奔缅甸。在缅甸住了两年，清降将平西王吴三桂迫使缅甸人将他献出，随后把他处死。明室的支脉到这里就算结束了。剩下一些明朝的遗臣起起落落，数不胜数，最著名的是郑芝龙的儿子郑成功。郑芝龙投降清朝后，郑成功不肯相从，开始在海上募兵。起初奉隆武为正朔，后来又奉永历，把荷兰人占据的台湾岛夺下作为根基，传了两代才被清军**平。
1 胡廷美：就是胡廷瑞，因避讳朱元璋的字，故而改瑞为美。
2 四镇兵：即宣府、大同、辽东、延绥。
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