显微镜是在16世纪后半叶发明的，在此之前，人眼看不到的东西都是“不存在的东西”。细菌、病毒、寄生虫等生物，血液中的白细胞、红细胞，毛细血管等细小的血管，这些看不到的东西，人们完全不知道它们的存在。
英国科学家罗伯特·胡克利用自制的显微镜对昆虫和植物进行了细致的观察，并于1665年出版了《显微制图》一书。胡克称，用显微镜观察软木塞，可以看到无数小孔，就像修道僧居住的单人间。胡克将这些小孔命名为“细胞(cell)”，意为“小房间”。
这是生物学上极其重大的发现。因为后来人们发觉，细胞不是单纯的“房间”，而是构成生物体的最小单位。
列文虎克
后来，一个意外的人物促进了生物学的大发展，他就是荷兰纺织商人安东尼·范·列文虎克。
列文虎克经常用放大镜确认布料的针脚和线。他对镜片兴趣浓厚，自制了500多个镜片，有的镜片甚至可以放大270倍。在用镜片观察水滴的时候，一个惊人的世界呈现在他眼前——充斥着无数肉眼看不到的“微型动物”的世界。
列文虎克还观察了人体。他在显微镜下看到了肉眼看不到的血细胞和**，在口腔里也发现了那些“微型动物”(后来被称为细菌)。
这些微生物可不单纯是“体形小”，它们正是当时的头号杀手——传染病的病原。遗憾的是，这一真相迟至19世纪后半叶才为人所知。在那之前，人们都知道有些疾病会传染，可谁也不知道元凶是微生物。
18世纪之前的瘴气理论
18世纪以前，许多学者认为流行病的根源是瘴气。所谓瘴气就是“有毒的空气”。人们认为，腐烂的东西产生的有毒气体会引发各种疾病的流行。“疟疾”一名来源于意大利语的“坏空气(malaria)”，这也是受瘴气理论影响的结果。
几个世纪以前，鼠疫曾在欧洲和亚洲肆虐，致死率高达80%。医生们担心自己被感染，只能戴着造型奇怪的面罩给患者诊疗。面罩嘴部的位置装满了香料，他们认为这样可以保护自己免受瘴气侵袭。当然，现在我们已经明确鼠疫是由一种叫鼠疫杆菌的细菌引起的。
诊疗鼠疫的医生
人们发觉微生物才是罪魁祸首的时候，已经是19世纪下半叶，而抗生素的研发更是进入20世纪以后的事情。在此之前，人们并不知道传染病的根源，更没有特效药。
对我们现代人来说，细菌和病毒会引起可怕的疾病。但是，在18世纪以前的人看来，看不见的生物进入体内并繁殖，进而引发多种疾病，这种理论实在是过于荒唐。
然而在那个时代，也有对瘴气理论持怀疑态度的医生，例如英国的约翰·斯诺。
1849年，在霍乱肆虐伦敦之际，斯诺想详细调查其流行的原因。霍乱是一种会引起剧烈腹泻和呕吐的疾病，用现在的话来说就是“急性胃肠炎”。
斯诺认为，如果霍乱是空气传播的，那么出现症状的应该是肺，但患者是消化道出了问题。因此，斯诺判断，可能是什么病原从口腔进入，从而引发消化道的异常。
大约40年后，人们才知道霍乱是通过粪便及呕吐物传播的细菌传染病。当时，斯诺离真相只有一步之遥了。可在瘴气理论正盛的时代，斯诺有关鼠疫的报告并没有得到承认。
1854年，霍乱再次暴发，斯诺在城市地图上详细地标注了感染者所在的位置。他注意到宽街(BroadStreet)[1]周围感染者十分密集，相当反常。后来，他发现街道中心有水泵，附近的居民都从那里取水。很明显，水泵里的水就是“元凶”。
斯诺取下了水泵的把手。不能用水后，感染者急剧减少，霍乱疫情在3天内就结束了。后来的调查表明，是化粪池中的排泄物漏进了水井，污染了水源。
但是，关于霍乱经水传播的报告一直被忽视，所以霍乱依然不时卷土重来。下水设备迟迟得不到改善，斯诺关于公共卫生的建议也没有被采纳。医学界还是不肯放弃瘴气理论。
类似的悲剧也发生在维也纳。
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