应桂馨被押回巡捕房的第二天，卜总巡禀请英副领事，会同审判员聂榕卿开特别公堂审问，并命王阿法与应对质，但应一味狡赖。英副领事只好将应押回，等集齐证据再审。江苏都督程德全亲自赶到上海，与黄兴等商量办法。孙中山当时正在日本旅行，听说此事后立即乘船赶到上海。大家聚在黄公馆中，日夜研究。陈其美问程都督：“应桂馨自称江苏巡查长，当初是否由贵督委任？”程德全道：“确有此事。”黄兴插口道：“程都督为何委任他呢？”程德全过了好一会儿才回答：“唉！这是内务部洪荫芝，就是洪述祖所保荐的。”黄兴点头道：“洪述祖吗？他现为内务部秘书，与袁总统有瓜葛，是老袁第六妾之兄。我知道了，这案的主犯还不止一个应桂馨呢！”程德全道：“要彻底清查，免使宋君含冤。”黄兴道：“但望都督能如此秉公，休使元凶漏网，我当为宋渔父拜谢。”说着，便起身向程德全鞠躬。程德全慌忙答礼，彼此又细谈多时，决定由交涉使陈贻范致函各国总领事和英法领事，文中大意为：“此案发生地点在沪宁火车站，地属华界，所获教唆犯及实行犯均系华籍，应由华官提讯办理，请指定日期将所有人犯、各项证据解交”。英领事看函后也表示同意，但因目前证据尚未搜集齐全，羽党尚未全部抓获，要等案件有眉目时才好转送中国法庭办理。
陈交涉使也无可奈何，只好耐心等着。法领事以应桂馨所住文元坊属法租界管辖为由，认为提审应的地方应在法租界。英领事不同意，说抓获应的地点在英租界，必须在英租界审讯。最后，双方决定由英、法共同审理。法领事将凶犯武士英转解至公共租界会审公堂，听候对质。
应桂馨仗着外面的爪牙，暗中疏通人脉，并请了三位洋律师替他辩护。宋教仁的叔叔宋宗润从湖南赶到上海，也请了两名洋律师为侄申冤。在审判席上，原告、被告各执一词，争论不休。原告只想赶紧定案，被告只想拖延。就是应、武二犯也是今天这么说，明天那么说，没有一定的口供。
应桂馨千方百计找人给武士英传话，叫他承认杀宋教仁是武士英自己的意思，并以某钱庄存银作为事后奉赠。于是，武翻去前供，一口咬定杀宋教仁是自己的意思，并说他与应根本不认识，前天去应家，只是为了和陈会面。当被问及在应家查获的手枪时，武竟然回答说，那不是他的手枪，他的曾有七发子弹，已抛弃在车站旁草场上。问他为什么杀宋，他说：“宋自尊自大，想做国务总理，甚至想做总统。若不除他，定要二次革命，扰乱秩序，我为四万万同胞除害，所以把他杀死。”审讯员见他如此狡辩，只好转诘应桂馨。应更是荒诞，将自己罪名推得干干净净。程德全、孙中山、黄兴等人只好向法捕房索取应宅被搜文件作为书证，法捕房却不肯交出。不过从法捕房传出消息，从应宅抄出的文件中，有很多与洪述祖的往来信件。此时，程德全都督会同应德闳民政长又从电报局调取应桂馨送达北京的电稿，并一一校译。原来，应桂馨不但与洪述祖通同一气，就是国务总理赵秉钧也与他频繁通信，电文多为密码。程、应两人又会同地方检察厅长陈英一起研究，将密码中的语意破得七八分，于是电致内务部，请求拘留洪述祖。谁知洪述祖已闻风而逃，程都督只好电呈袁总统，请他下令严拿。袁总统居然也下令地方官严拿！
此外，北京的什么探长、什么勤务督察长也陆续来到上海，声称来调查宋案。其中，最引人注目的是总统府秘书长梁士诒和工商总长刘揆一，二人匆匆南下，又匆匆北去。刘与孙、黄见了一面，返回天津后就称病辞职了。或许刘已洞悉宋案真相，不愿在恶政府中再做事，以此托故求归。
程都督应孙、黄等人的要求，屡次与领事团交涉，要求交出凶犯及所有证据。北京的内务部、司法部也电饬陈交涉使与英法交涉，将此案移交中国官厅处理。英、法两领事按照惯例将全案人犯、证件移解华官，由上海检察厅接收。谁知才过了几天，还没经华官审讯，凶手武士英竟在监狱里服毒自杀了。试想，这武士英是为了得人千金，才将所有的事揽在自己头上，怎么可能自寻短见呢？这服毒的原委，显然是受人欺骗，或遭人胁迫。
程德全与上海检察厅厅长陈英，连日检查教唆犯应桂馨的文件，并电请政府设特别法庭，审讯案犯。但该要求被司法部驳回。孙中山、黄兴等人听了此事，便请程、陈两长官将应犯函件中最重要的，有关应桂馨与洪述祖、赵秉钧的密电载入呈文，并请政府批准设特别法庭审理。
谁知这电文去后，不仅袁总统没有复电，连国务总理赵秉钧也不肯答复。于是，上海审判厅开庭传讯应犯，应犯仍一味狡赖。此时，双方所请律师都已改为中国人，原告律师金泯澜要求洪述祖、赵秉钧两人来案对簿，这样才能水落石出，洞悉真实案情。当即由检察厅特发传票，令洪、赵两人来上海质审。可是洪述祖已安居青岛，怎么可能自投罗网？至于一国总理赵秉钧，更是不会来了。
各处纷纷追悼宋教仁，如挽词、演说等多半指斥政府，就是上海各报纸也连日讥弹洪、赵二人及袁总统。赵秉钧自觉不安，被迫辞职。宋案于是不了了之，应犯仍羁狱中，其余受牵连的人经审讯后，只要是无辜的，一律取保开释。
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