在《长编》编辑过程中，根据新发现的资料或对旧史料重新解读，使一些影响较大的有争议问题得到澄清，并对一些已被视为定论的看法提出修正意见。例如：
1.兴中会成立前后孙中山思想的主流问题。
这在史学界引起过长期讨论，直到1985年3月涿县孙中山研究述评国际讨论会上，仍然是与会代表关注和争论的中心议题之一。孙中山并非天生的革命者，在走上革命道路的历程中，曾经受过各种爱国进步思想的影响。问题在于，孙中山究竟何时确立其共和革命的宗旨。有学者认为，1895年广州起义时，孙中山还没有共和革命的思想。尽管兴中会誓词中有“创立合众政府”一语，但不够明确，且系后来的回忆。同时还有不少记载说孙中山当时主张反满复汉，直到起义失败后亡走日本，才从日本报刊的报道中知道自己的造反行动是“革命”，于是乎恍然大悟。更有人依据1900年孙中山致刘学询函中“主政一人，或称总统，或称帝王，弟决奉足下当之”的话，断定孙中山至此共和革命的观念主张仍在动摇之中。
《长编》征引了日本京都女子大学山本四郎教授发现的1895年3月4日、4月17日日本驻香港领事中川恒次郎致首相原敬的两封信，这是中川关于孙中山来访的报告，里面明确提到：孙文要在两广独立，建立共和国，并于成功之后选举总统。[1]这不仅澄清了汉语表述中“创立合众政府”一语的含混，而且为研究者们重新审定已往的结论提供了第一手资料。引伸下来，既然是年3月孙中山已经懂得共和国、总统等概念，绝不至于像冯自由或陈少白所描绘的那样，直到亡命日本时才知道自己的行动是革命。有幸得到孙中山抵神户当天《神户又新日报》有关报道的影印件，标题为《广东暴徒巨魁之履历及计画》，而不是《支那革命党首领孙逸仙抵日》[2]，也无“中国革命党孙逸仙”字样[3]，报道中甚至没有“革命”二字，只是将广州起义做了极不准确的介绍。联系到谢缵泰说广州起义前“孙念念不忘革命”[4]，则孙中山对革命的认识并非偶然的顿悟。
《长编》所引1900年日本、英国、法国的有关档案，记载了孙中山在惠州起义前后不同场合的谈话中，明确表示要在中国南方建立一个联邦共和国，然后推翻清朝专制统治，合纵18省创一东洋大共和国。[5]至于致刘学询函，合理的解释只能如冯自由所说：“知学询素抱帝王思想，故即以主政一席许之，而自挽兵政。其用意无非欲得其资助巨款，以达革命之目的而已。”[6]
孙中山出此下策，也是情非得已。这封信的写作时间，原函署为“明治三十三年九月于台北”，本应为公历，因为函内提到10月6日惠州起义事，故前依阴历推断为10月下旬。但此函系托平山周带往上海交给刘学询，据日本外务省档案，平山周于10月15日已经离开台湾[7]，所以日期应在10月中旬以前，原来的署期疑误。这时惠州义军节节进取，而武器弹药奇缺，台湾的日本殖民当局改变事先承诺，劝告参与其事的日本人士撤离，原定由日本运械的计划，也因中村弥六舞弊而告破灭。孙中山束手无策，迫不得已只好向刘学询让步，抱万一之希望，想以一顶皇冠诱其给予援助。无论手段是否足取，这无疑并不代表孙中山的政治宗旨。如果将其种种说词全都当成宗旨的直接表露，就无法得出合乎逻辑的结论。所以，用致刘学询函来证明孙中山的信仰仍在动摇彷徨，根据不足。而1897年孙中山与宫崎寅藏关于共和革命的谈话，确是肺腑之言。确定孙中山的宗旨，不仅有助于对兴中会的性质做出恰当判断，而且会对正确认识中国社会的客观要求、革命派与维新派初期的关系以及中国政治变革的道路等一系列问题产生积极的影响。
2.关于孙中山与犬养毅早期关系的几封信的时间。
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