在中央官制改革中设立责任内阁，首先便直接触及了王公亲贵的权势与利益，这便引起袁世凯与醇亲王载沣及王公亲贵的冲突。据《申报》载北京专电云：“日前会议官制，某亲王与直督袁宫保意见不合，大起冲突，由庆邸劝止。是以日昨召见军机，慈宫有‘和衷共济，勿以意见误大局’之谕。”[25]这里的所谓“某亲王”，就是醇亲王载沣。载沣之所以与袁世凯在会议官制时“大起冲突”，一个重要的原因就是在改革中如何安置王公亲贵的问题上双方产生了矛盾。对此，《时报》有更明确的记载：“闻议官制时，袁宫保创议，凡宗室王公贝子将军等，无行政之责任者，别设一勋贵院以置之，非奉旨派有差缺，不得干预行政事件。以此大触宗室王公之忌，怂恿小醇邸出与为难。是日会议时，醇邸至出手枪抵袁之前，谓：‘尔如此跋扈，我为主子除尔奸臣。’幸庆邸急至，出而排解，风潮始息。袁于是有不欲与闻之说，其第一次具奏，申明凡无关行政司法之衙署，此次均不提议，盖恐再有阻力也。”[26]显然，袁世凯本想闲置一般王公亲贵，却遭到激烈的抵抗，结果只能做出妥协让步，以尽量避免直接冲突。
设立责任内阁，同时又牵涉到旧内阁与军机处等中枢机构的存废问题，自然会触动原有内阁大臣、军机大臣甚至各部院大臣的权势与利益，这又必然引起袁世凯与铁良、荣庆等朝中政要的冲突。如时论所谓：“议设内阁，最困难之一端，即为现时军机大臣无从安置，副总理仅有二席，故不免其中稍有阻碍。”[27]其实，不仅军机大臣如此，其他如内阁大学士、各部尚书以及大小京官都面临着危机。据称：“内阁即系以军机处及旧内阁两处合并而成，而旧之内阁及军机处均须消灭，其人员另筹安置，各部亦然。裁缺各尚书、中堂及大小京官等，均入枢密顾问院，其中无定员，盖仿英国枢密院制度也。不论官阶高下，惟以皇上之钦命得与列。”[28]军机大臣铁良、内阁大学士荣庆是反对派的首领，他们“因皇上已颁发明诏，又不能反对立宪，是以翻然改变其宗旨，提倡急激之论，曰：‘立宪非中央集权不可，实行中央集权非剥夺督抚兵权财权，收揽于中央政府则又不可。’坚持其议，确不可拔”。他们顾左右而言他，在官制改革中坚决提倡中央集权，以“剥夺督抚兵权财权”，显然是针对改革派领袖人物直隶总督袁世凯与两江总督端方而言的。袁、端则极力反对，认为：“将督抚兵权财权收揽于中央以行集权之实，固非不可，但以中国现在情形论之，其事可言不可行，故此事暂缓议改，先自易于改革者著手，以徐及其难者。”袁、端之议得到庆亲王奕劻与镇国公载泽等人的赞同。双方“互相辨难，不得要领”。载泽气愤之下，递折参劾铁良等人挟私见持偏论以阻挠立宪，奕劻与袁世凯甚至密议拟将铁良外放。[29]关于袁世凯与铁良等人的冲突，陶湘的密报有更形象的描述：“初预廷议，本初（袁世凯）气概如虹，退后与铁（良）意见不合。铁有‘如乃公所谓立宪，实与立宪本旨不合’之语。所谓冲突者，即由此。本初与领袖（奕劻）先后劾铁聚敛，已拟谕着荣（庆）、铁同出枢廷，忽然不应，本初始觉得有异。至二次集议，本初意兴稍衰，出而告人，有‘我又何苦受人唾骂，京中事真不能办’等语。”[30]显然，袁世凯等人关于立宪与改官制的主张明显地受到铁良等人的制约。
二是操纵官场起哄。
官制改革涉及机构调整与人事变动，这势必引起强烈反弹。设立责任内阁，使旧内阁与军机处归并其中，各部院也将重新整合，尤其是都察院、翰林院等闲职衙门，更是面临存亡问题，将京朝各官推向出处进退之艰难抉择的边缘。御史、翰林等大小京官交章弹奏，本有维护自己切身既得权势与利益的动因，同时，又被朝中高层势力集团在背后操纵利用，更是火上加油，使以袁世凯为首的官制改革派实在难以应对。
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