应当说，行政改革的趋势在彼得一世着手革新行政体系之前就已经显现出来。在彼得一世掌权之前，俄国的君主专制政权已处在不断加强的进程之中，这就为彼得一世确立专制制度，彻底摆脱缙绅会议之类的等级代表机构和大贵族杜马的束缚创造了有利条件。由于战争的需要，借着军事改革、财政改革全速推行的势头，行政机构的改革也以适应战争需求为目的进行了革新，沙皇的专制权力也最终在这个过程中得以确立和巩固。
由于缺乏计划性，彼得一世的行政机构改革过程总体来说比较复杂，大体可以分为中央和地方两大块，但二者实际上是相互联系、相互影响的。对于中央行政机关的改革，以主要机构的确立为脉络则可以大致分为三个阶段：第一个阶段是1699—1710年，主要是局部地改组中央机关，设立一些新机构，而改革财务部门是首要任务；第二个阶段是1711—1717年，以参政院的建立为标志，俄国国家体制有了新的发展；第三个阶段是1718—1725年，委员会制度作为中央管理机构的新制度被建立起来，自此，中央行政机关集中化、官僚化的历史任务得以完成，俄国的专制制度得到了有效巩固和加强。
一、局部改组
中央行政机关改革的第一阶段主要是在旧有衙门基础上的“修修补补”：合并或者新建一些衙门。事实上，衙门制的进化趋势早在17世纪就已开始出现。中央机关开始走向官僚化，机构趋于集中化，几个非同类衙门被交由一人管理，或者几个性质相近的衙门被更紧密地结合起来。但衙门的数量并不稳定，截至1699年，俄国共有44个衙门。18世纪初，沙皇开始将几个职权范围相近的衙门合并，划归一人领导。例如，将大俄罗斯衙门、小俄罗斯衙门、斯摩棱斯克公爵领地衙门、诺夫哥罗德衙门、加利奇衙门、弗拉基米尔衙门和乌斯秋格衙门同外交衙门合并，将3个宫廷衙门——宫廷司法衙门、砖石事务衙门、马厩管理衙门合并等。
与此同时，一些新衙门涌现出来。第一个新建的衙门便是普列奥布拉任斯基衙门。1689年最初创建时它只是一个管理“游戏兵团”的司法行政机关，后来职权大为扩展，曾领导莫斯科警务工作，征收烟草税，管理几个宫廷乡，到1697年后，一切政治案件均被交给它来管理，它还拥有到全国办案的全权。这显现出了普列奥布拉任斯基衙门不同于以往那些旧衙门的特殊性。这一在政治侦查方面不受地区范围限制的做法，就把其他中央机关和地方机关放到从属于普列奥布拉任斯基衙门的地位上，以往还没有任何一个衙门拥有如此大的权力。把从前分散于各个衙门的政治案件集中到一个主管部门的做法，也是中央机关集中化，代替17世纪臃肿的衙门体制的一个步骤。参政院成立后，这个衙门便从属于参政院管辖，并与很久之后才成立的各委员会一起继续行使其职权。普列奥布拉任斯基衙门与沙皇的近卫军一样，成为沙皇在行政方面巩固自身专制权力的一个有力工具。
1701年，外籍移民区衙门和雇佣骑兵衙门合并为新的军务衙门。军务衙门产生后，便撤销了已经改名为地方自治事务衙门的射击兵衙门。此外还成立了专供军粮和其他军需品的粮秣衙门、替代炮械衙门的炮兵衙门、矿务衙门等。海军的成立也促使2个新衙门诞生：海军衙门和舰船修造衙门。但是，上述这些改变并未引起整个衙门体制发生根本性变化。
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