引起国家机构发生重大变革的，是一个借鉴西方经验并直接引用外国名称的衙门——市政管理局（不久奉命改名为市政厅）的建立。它兼有中央财政机关和工商业区自治机关的职能，直接体现了财政管理集中化的趋势。1699年1月30日关于成立市政管理局的诏令指出，该机关的目的：一是通过市政管理局改进工商管理的一般办法，使工商业区居民拥有摆脱军政长官的权利；二是保证人头税的准时收缴和间接税的征收，成立中央银行。在实际运行中，市政厅不仅具有财务管理的职责，还要审理工商业者的案子，兼有司法职能。这一衙门的设立，削弱了军政长官的权力，在某种程度上说明商人在国家生活中的作用有所增强。市政厅作为中央财政机关，成立不久便成为国家中央金库，到1708年，市政厅的收入已经占全部预算收入的1/2。
在建立莫斯科市政管理局的同时，1699年1月30日的另一道诏令指示在地方工商业区配套设立地方自治局，各城市中的地方自治局都是市政厅的下属机关。同时，莫斯科的市政管理局和地方自治局都是选举产生的机关。由于彼得一世认为军政长官收受的贿赂跟上缴的税款一样多，因此在改革初期，政府赋予工商业者不受地方军政长官管理，选举本阶层代表管理司法事务和税收的权利，交换条件是缴纳双倍的直接税。大部分城市都拒绝了这样有条件的自治制度，于是1699年10月20日的诏令又在一些城市取消了双倍直接税的条件。
市政厅和地方自治局的设立令中央行政管理产生了一系列变化。13个衙门的征税工作都交给了市政厅。例如，外交衙门、诺夫哥罗德衙门、小俄罗斯衙门、斯摩棱斯克衙门都把全部的财务行政管理工作交给了它。同时，一些地方衙门也因此而不复存在。被选出的商人代表代替了地方军政长官和其他军职人员来管理工商业区的司法和征税事务。
备受财政问题困扰的彼得一世时刻都想知道各个衙门中的现款数额，于是1699年还成立了一个对国家机关活动进行财务监督的机构——近臣办公厅，它是一个大贵族杜马办公厅，以沙皇的亲信尼基塔·佐托夫为首。人员越来越少的大贵族杜马会议就在近臣办公厅召开。后来这种会议在大贵族杜马的人员构成和职权都发生变化的情况下逐渐演变成“大臣会议”，成为沙皇不在时处理莫斯科和全国一切事务的最高机构。俄国著名史学家曾考察过，大贵族杜马的演变，就是一个人员不断变少，从一系列中间形式变成“大臣会议”的过程，而“大臣会议”又最终被参政院所取代。那么在这个过程里，大贵族杜马人员减少的程度有多大，不妨仔细考察一下：1699年大贵族杜马尚有112人，此后人员不断减少，沙皇又故意不再任命新成员，因此到1708年杜马会议被称为大臣会议时，只剩下8个人出席会议。
保留下来的几个衙门的大贵族和法官每周必须有3天到近臣办公厅来处理问题。与大贵族杜马不同的是，大臣会议沙皇不参加，它主要执行沙皇的书面命令。大臣会议的建立，标志着俄国最高机关进一步走向官僚化，后来的事实证明，近臣办公厅内的大臣会议不过是大贵族杜马向参政院过渡的一个准备形式。
1704年，国家设立了由缅希科夫领导的伊若尔办公厅，对征收代役租的特别机关实行管理，如磨坊管理处、澡堂管理处、渔业管理处、蜂蜜管理处等。该机关的存在吞并了各衙门财务活动的剩余部分，进一步打击了衙门制度。
总体来说，1699—1710年这一阶段的改革并未触及衙门制的本质，而是在衙门制的范围内进行的。这一时期大部分中央机关与17世纪众多衙门产生的基础相同，即在要求执行某项任务或需要花费长时间解决的、比较复杂的问题时，就直接建立新的机关；这些机关有的仍沿用旧称，有的则冠以新名，如办公厅，包括近臣办公厅、英格尔曼兰办公厅等。
二、设立参政院
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