此时，梁启超牵头，在广东肇庆组织成立军务院，作为独立各省的统一领导。梁启超亲自起草的《军务院组织条例》，认为袁世凯称帝已丧失大总统资格，应由副总统黎元洪继任，但又由于黎正蒙难，应由国务院摄行大总统职权，然国务院已遭废止，重设须经国会通过，而国会亦不存在，故暂设军务院，主持全国军事、庶政。军务院直隶大总统黎元洪，因黎元洪不能亲临军务院视事，一切军政、民政、对内、对外，以军务院名义行之，代行国务院及陆海军大元帅职权。一句话，军务院就是与袁世凯分庭抗礼的临时政府！
军务院选唐继尧为抚军长，袁世凯的老对头岑春煊为抚军副长，抚军有刘显世、陆荣廷、龙济光、梁启超、蔡锷、李烈钧、陈炳妮、戴戡、罗佩金、吕公望、刘存厚、李鼎新，他们共同主持政务军务。军务院成立后提出解决时局的四条办法，第一条就是袁世凯辞职，黎元洪继之；如果黎元洪难当重任，则由段祺瑞摄政，或者通过特别规定，选举段祺瑞为大总统。这无疑是招离间计，目的是增加袁世凯与段祺瑞之间的矛盾。梁启超还给段祺瑞发电说：“今日之有公，犹辛亥之有项城。昔者若清室不让，虽项城不能解辛亥之危；今者若项城不退，虽公不能挽今日之局。”
段祺瑞倒是没好意思说出让袁世凯辞职的话来，却向袁世凯提出撤销总统府机要局、统帅办事处、军政执法处三大机关，而且陆军部要接管模范团和拱卫军。这让袁世凯十分寒心，认为段祺瑞已经离心离德，不可依赖。因此回头再央求冯国璋出面，给南方施加压力。
此时的冯国璋更像辛亥年的袁世凯，南北双方都对他有所求。冯国璋提议，在南京召开会议，讨论全国时局。出席代表二十三人，公推冯国璋为主席。而第一次会议的议题，就是讨论袁世凯的去留，结果二十三人多数赞成袁世凯辞职。南京的密探密电袁世凯，这让他又气又恨，本指望冯国璋能够设法维护他的大总统之位，没想到会是这种局面，显然，冯国璋也有野心！如果让他这样主持下去，自己非辞职不可，于是他密电安徽将军倪嗣冲设法挽回。
倪嗣冲是袁世凯小站练兵时的部下，辛亥革命后受到袁世凯的赏识，很快坐上了安徽都督的交椅，在镇压二次革命和推行帝制中下了死力，被袁世凯册封为六公之一，真是破格荣封。得到“圣主”的密电，他立即带着三营人马当夜赶到南京，在第二天的会议上，他抢先发言道：“你们竟然对大总统的地位提出什么建议，对这一点，我坚决反对。你们来自不同的省份，应该代表你们的长官，联名给南方写信，让他们立即罢兵，这才是正办。”
大会被他搅得开不下去，但袁世凯已经看清，冯国璋是要效仿辛亥年的手段，借南方的势力逼他放弃大总统，又借北洋的势力施压南方。南京甚至传言说，冯国璋要当大总统了。
北洋三杰，王士珍躲清静，段祺瑞执拗不可用，冯国璋包藏野心，都不能为己所用。他是不肯轻易服输的性格，以为四川有陈宦和曹锟，两人都忠诚可靠；湖南有汤芗铭，二次革命后杀了那么多革命党人，他无论如何不会独立；湖南还有他的卫队司令唐天喜，从十几岁时就侍候他，跟着他到朝鲜，虽是主仆，胜似父子，更不会背叛。有此三人督师猛进，打败蔡锷一军并非不可能，而蔡锷一倒，其他各军便会望风披靡，那时候自己从容收拾，不难再定乾坤。袁世凯拿定主意，振作精神，不顾病体，坐镇指挥讨逆。
可是，他刚给陈宦发去让他督师开战的电报，陈宦却宣布四川独立了，他在通电中先是剖白自己一开始就不支持帝制，然后又指责袁世凯退位绝非出自诚意，不过是缓兵之计，他要与袁世凯断绝关系，“宦为川民请命，不能不代表川人与项城告绝。自今日始，四川省与袁氏个人断绝关系，袁氏在任一日，其以政府名义处分川事者，川省皆视为无效。俟新大总统选出，即奉土地以听命，并即解兵柄以归田。”
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