袁世凯过年期间也不让衙门消停，因为过年是国人团圆的时候，正是劝解义和团的好时机。忙了一个正月，山东基本安定下来。教会虽然对袁世凯鼓动教民退教不满，但毕竟传教士和教民的人身财产得到了保障，所以各国公使反馈给总理衙门的都是对袁世凯的赞美之词。慈禧终于决定实授袁世凯为山东巡抚，光绪二十六年二月十四日（公元1900年3月14日），朝廷下旨：
调山西巡抚邓华熙为贵州巡抚。山东巡抚毓贤为山西巡抚。实授袁世凯为山东巡抚。
同一天，肥城教案正式结案。领头的孟光文被就地正法，此外还有一人被判绞监候，一人被判终身监禁，还有两人被判杖刑和流放。孟光文等人抄了教民张洪远的家后，将家具、粮食等不好带走的物品就地卖掉，结果凡是买赃的买一罚十，官府又出银九千两，用这些钱为卜克斯修建了一座碑楼，并购地建教堂。袁世凯拒绝将泰安知府及平阴、肥城知县革职，只将肥城知县防营守备撤职。这一处理结果不能令人完全满意，但比起从前洋人肆意威胁、索求无度相比，已是好了许多；而袁世凯敢于据理力争，反而更令英国人刮目相看，觉得他是个遵守约章、持平民教、办事干练的官员。
袁世凯既然已经实授山东巡抚，则表示朝廷对他治理山东的措施是肯定的，因此，他对义和团的态度更加强硬。新发布的《山东惩办拳匪告示》规定，凡有练拳或赞助设立拳厂者杀无赦；父兄纵听子弟学习邪拳，除将子弟正法外，该父兄拿获监禁三年；窝留者与匪犯同罪。而对参与镇压义和团的武卫右军，则与他们约定，如匪至即放炮，绝不会因此获咎；若匪至不能痛击，则将领以下一概按军律治罪。
义和团在山东几无立足之地，而此时直隶总督裕禄却献媚于载漪等亲贵，将义和团大师兄待为上宾，北洋大臣衙门里也立起义和团的大旗，并请大师兄当他督标亲军的教练，一如毓贤在山东。而出任山西巡抚的毓贤一到任即公开支持义和团，令各州县帮义和团解决粮饷。所以直隶、山西义和团迅速发展，山东的义和团大师兄不甘一呼百应的好日子一去不返，因此纷纷投奔直隶，有的则不远数千里投奔毓贤。
直隶日渐混乱起来，而山东的局势日渐好转，警报再不像从前一日数至，袁世凯得以腾出时间来谋划一件倾心已久的大事——整编山东军队，扩张武卫右军。这一想法他已给荣禄写信，荣禄深以为然。如今局势趋稳，而恰好朝廷下旨，让各省督抚就筹饷练兵提出意见和建议，真是天赐良机！袁世凯与幕僚们几经商议，由阮忠枢主笔，于三月初七（公元1900年4月6日）上《遵旨筹饷练兵酌拟办法折》。为了说服朝廷支持他练兵扩军的计划，先将山东的重要性说透彻：
窃维山东为京畿左辅，居南北要冲。自胶、威议租，两大逼处，强邻日谋进步，几若无复顾忌，可以为所欲为。而内地教堂林立，计逾干数，勾结生事，所在多有，若不亟图防范，万一狡敌得逞，则南北隔绝，海陆并阻，全局震动，何堪设想。且人方经营铁路，千里咫尺，入我堂奥，瞬息可达。控制抵御，势难疏缓，而武、沂、登、莱、青五府，滨海洋面，绵亘几二千里，扼要设防，尤关紧要。衡量形势，权度机宜，非有重兵不足以资保障；非有厚饷，不克以练精兵。臣所部武卫右军，仅七千人，只可专备一路，实属不敷分布。
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袁世凯(全三册) 张鸿福
袁语录:袁世凯的政治遗言