王照和毕永年都辗转逃到了日本，但因政治见解不同，对康有为人品不满，与之分道扬镳。王照在日本专门发文，揭露康有为伪造密诏之事。此后他埋头创制“官话字母”（汉语拼音），1901年后回国向朝廷自首，被清廷开复原衔。毕永年不满于康有为的“保皇”立场，后来投奔孙中山，加入兴中会。
军机四卿则是在搜查南海会馆中发现杨锐带出的密诏抄件，四人皆名列其中而被下令逮捕。户部侍郎张荫桓、礼部侍郎徐致靖因为连上奏折、支持变法也被刑部捉拿。徐致靖在变法期间最为活跃，与康梁联系十分密切，但他父亲与李鸿章是同年，李鸿章出手相救，竟然把他救下来了。军机四卿外加康有为的胞弟康广仁无人敢救，另外还有御史杨深秀竟然上折责问太后为什么要软禁光绪，惹恼了慈禧，结果与康广仁及军机四卿未经审讯，拉到菜市口问斩。这就是为变法而牺牲的戊戌六君子。
之后的政局，可用“以旧换新”来概括。军机处有变法倾向的钱应溥、廖寿恒退出军机，新进入军机四人：载漪是满口祖宗家法，荣禄自然不用说，启秀则是以孝闻名、以礼仪为甲胄的顽固大臣，还有一个赵舒翘是刚毅引入军机，唯刚毅马首是瞻。所以整个军机处，成了守旧派的天下。总理衙门大臣徐荫桓是出使过日本，有外交经验的人才，但因为支持变法被发配新疆，李鸿章没有恢复总理衙门大臣的职务，而是被派去山东治理黄河，新入署的大臣中，除许景澄、联元、裕庚等人曾任驻外使节外，其他如桂春、瑞洵、吴廷芬、赵舒翘等人全无外交经验。更不可思议的，各省的督抚将军竟然全部兼任总理衙门大臣，总理衙门大臣一下增加到三四十人，而且遍及全国十几个行省，外交怎么办？意见如何统一？这样只是便于太后将来操纵外交而已。
政变后有人要倒霉，也必定有人要红得发紫。首先是荣禄，他被任命为军机大臣，而在上谕中特别说明，荣禄虽然不任直督了，但北洋各军仍归他节制：
现当时事艰难，以练兵为第一要务，是以特简荣禄为钦差大臣，所有提督宋庆所部毅军，候补侍郎袁世凯所部新建陆军以及北洋各军，悉归荣禄节制，以一事权。该大臣务当统率有方，认真督练，随时稽复，毋稍疏懈，俾各军悉成劲旅，用副朝廷整饬戎行之至意。
不任直隶总督而掌直隶军权，荣禄是集军政大权于一身。
袁世凯也是获利者。荣禄内调军机大臣，朝廷令袁世凯署理直隶总督，虽然只有十几天，但他为朝廷所信任已经毋庸置疑。随后袁世凯又上奏，认为驻直隶的各军互不统属，不能联络一气，建议合编为武卫军，由荣禄统领，并由荣禄另募万人作为亲兵。当然，这个建议必定是他与荣禄事先沟通过的。朝廷很快旨准，将直隶军队编为武卫军，驻天津芦台的直隶提督聂士成所部编为武卫前军，驻扎蓟州的甘肃提督董福祥部甘军编为武卫后军，驻扎山海关的四川提督宋庆统率的毅军编为武卫左军，袁世凯的新建陆军编为武卫右军。荣禄另募旗丁一万人作为武卫中军，驻扎南苑。武卫军的军饷全部由户部核拨，成为朝廷依赖的柱石，而这五支武卫军中，袁世凯的右军最为精锐。
武卫右军编成不久，十一月二十五日，在荣禄的极力推荐下，太后召见袁世凯。到了十二月初一，慈禧又恩赏福字荷包、银钱、银锞、食物等项。过了年，内阁又奉上谕：
荣禄奏，新建陆军，训练三年，著有成效，请将出力员弁，择优保奖一折。新建陆军，经候补侍郎袁世凯悉心擘画，照泰西操法，训练精勤，现已历三年，确著有成效，该侍郎勤明果毅，办事认真，深堪嘉尚。袁世凯著交部从优议叙。所有该军得力员弁，著荣禄传知该侍郎，准其择尤酌保，毋许冒滥。钦此。
只是光绪对袁世凯恨之入骨。他经常在纸上画一只王八，大写一个“袁”字，以小弓箭射之，射中则开心一笑。逃过一劫的变法支持者也深恨袁世凯，编成童谣在京津传唱——
六君子，头颅送。
袁项城，顶子红。
卖同党，邀奇功。
康与梁，在梦中。
不知他，是枭雄。
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