《文始》，1910年成书，在《学林》连载，据章氏《自述学术次第》[7]，撰写时间应与《新方言》相近。
由上可知，这些学术专著，“修治”、刊出确在《民报》封禁以后，而撰述却早，大都是章太炎初抵日本、主持《民报》时即已属草，且系历年治学积累，决非短短二三年所克遽就。当然，“修治”定稿，要花费很大精力，“提奖光复，未尝废学”[8]，政治活动的时间减少了。但他在主持《民报》时“未尝废学”，《民报》封禁后也仍“提奖光复”，不能说他学术著作多了，就已脱离革命。
其次，这些著作，属于音韵训诂的“朴学”，而字里行间，仍不乏“提奖光复”之词。如《国故论衡》的《原经》说：“国之有史久远，则亡灭之难。自秦氏以讫今兹，四夷交侵，王道中绝者数矣。然猾者不敢毁弃旧章，反正又易。藉不获济，而愤心时务时时见于行事，足以待后。故令国性不坠，民自知贵于戎狄，非《春秋》孰纲维是！……孔子不布《春秋》，前人往不能语后人，后人亦无以识前。乍被侵略，则相安于舆台之分。《诗》云：‘宛其死矣，他人是偷。’此可为流涕长潸者也。”渗透着争取民族解放的信念，与反清斗争有关。当然，其中含有浓厚的大汉族主义思想和章太炎“用国粹激动种性，增进爱国的热肠”的“高妙的幻想”，但“提奖光复”，还是不渝。又如《齐物论释》，章氏后来追叙写作源由说：“余既解《齐物》，于老氏亦能推明，佛法虽高，不应于政治社会，此则惟待老、庄也，儒家比之，邈焉不相逮矣。”[9]也不是不注意“政治社会”的单纯学术著作。
这些著作，又多和章太炎的东京讲学有关，《民报》封禁后，他仍讲学不辍，讲的确系古籍，确系训诂音韵，但他也讲过历史研究法[10]。“有时随便谈天，亦复诙谐间作，妙语解颐”[11]，不会不接触时事。鲁迅回忆：“前去听讲也在这个时候，但并非因为他是学者，却为了他是有学问的革命家，所以直到现在，先生的音容笑貌还在目前，而所讲的《说文解字》却一句也不记得了。”[12]黄侃也说：“其授人国学也，以谓国不幸衰亡，学术不绝，民犹有所观感，庶几收硕果之效，有复国之望，故勤勤恳恳，不惮其劳，弟子至数百人。”[13]章太炎并没有忘记“兵革”，他的学生也认为他是“有学问的革命家”。
再次，章太炎在《民报》封禁后二三年间，学术著作陆续出版，政治论文是相对地减少了，但并不是没有；只是有些文篇，没有辑入手定的《章氏丛书》，有的文篇虽然辑入，又未标明写作时间或经删削，以致被人忽视。这里试举数例：
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乙亥年 癸未月 辛亥日 辛卯时
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