章太炎在《民报》上发表了不少政论，基本上是宣扬同盟会的革命纲领的。在《民报一周年纪念会祝辞》中强调“扫除腥膻，建立民国”[9]，《演说辞》说：“革命大事，不怕不成，中华民国，不怕不立。”[10]由章太炎手撰，以“军政府”名义发表的《讨满洲檄》，更明确指出：“自盟而后，当扫除鞑虏，恢复中华，建立民国，平均地权。有渝此盟，四万万人共击之。”[11]尽管他的文章有着狭隘民族主义，渗有“国粹”“宗教”等消极因素，但他宣传革命的大方向还是对的。他没有“早已反孙”，而是由于和孙中山“定交”，加入同盟会，从而论战文章，针锋相对，“所向披靡，令人神旺”，成为他一生中“最大最久的业绩”。
以上可说是章、孙关系的第一时期，章太炎由改良到革命，由和孙中山相识到“定交”，由入狱到主持《民报》，由筹组光复会到参加同盟会，这是他一生中的光荣岁月。他当时之所以影响大、功绩显，应该说和孙中山领导的革命运动有关。
1908年《民报》封禁前后，章、孙关系起了变化。还在1907年3月，日本政府应清政府的请求，驱逐孙中山出境，孙中山在离日前得到日本政府和股票商铃木久五郎馈金一万五千元，以二千元留为《民报》经费，余款悉充军费，遭到章太炎的非议。1908年10月，日本政府与清政府勾结，下令封禁《民报》，章太炎向日本内务省交涉无效，《民报》停刊，章亦离职。此后，孙中山派人秘密续刊《民报》，名为巴黎发行，实在日本印刷，章太炎又闹派别纠纷，斥之为“伪《民报》”。接着，陶成章到南洋筹款，和同盟会争夺地盘，又重组光复会，章、陶任正副会长，对孙中山发动攻击。
武昌起义胜利，章太炎提出了“革命军起，革命党消”的错误口号，主张解散同盟会，并和一些旧立宪党人在一起，组织中华民国联合会。1912年1月1日，孙中山在南京就任临时大总统，聘任章太炎为总统府枢密顾问，他不肯和孙中山合作，不愿长驻南京，返回上海。2月中旬，在讨论建都问题时，章太炎主张建都北京，拆了孙中山、黄兴的台。5月，黄兴条陈国民捐和劝办国民银行办法，章又以为“勒迫必自之生”，加以反对。南北和议告成，袁世凯上台，他幻想袁世凯能“厉精法治”，“以厝中夏于泰山磐石之安”[12]。中华民国联合会与一些小政团合并，改组为统一党，以后更与民社等并为共和党，推黎元洪为理事长，逐渐变成袁世凯手里的驯服工具。
袁世凯给了章太炎一个总统府高等顾问的空衔，不久又委任其为东三省筹边使，调出北京。章太炎兴致勃勃地跑到东北去“兴办实业”。没有多久，宋教仁被刺，血的教训使他震醒起来，对袁世凯不信任了，但是依靠谁去对付这个掌握兵权的军阀呢？他想到的还是清朝旧军官、民国新军阀黎元洪，章太炎遂跑到武昌，去找这个清朝的湖北新军协统、当时的副总统，结果不得要领。于是由鄂赴京，由京来沪，而他早先提议在东北筹设实业银行的借款，财政部长梁士诒不肯盖章。章太炎“实业计划”落空，感到“大抵政府之与我辈，忌疾甚深，骂亦阻挠，不骂亦阻挠”，于是决计“辞差”，“奉身而退”[13]。
1913年7月，孙中山、黄兴举兵武力讨袁，章太炎却不信赖，说什么“讨袁者亦非其人”[14]。他既骂袁世凯“用心阴鸷，正与西太后大同”，又骂孙中山“与项城一丘之貉”[15]。“谓宜双退袁与孙、黄，改建贤哲，仆则承命”[16]。8月，“冒危入京师”，为袁世凯幽禁，直到1916年袁世凯死后才被释放。
以上可说是章、孙关系的第二时期，章太炎由非议孙中山到重组光复会，由“同盟旧人”到和立宪党人沆瀣一气，由反对孙中山到为袁世凯利用，这是他“渐趋颓唐”的关键时刻。他的倒退，不能说与暌离孙中山，闹分裂活动无关。
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