1916年6月，章太炎由京南返。这时孙中山也在上海，曾两电黎元洪“规复约法，尊重国会”；章太炎也认为“约法、国会，本民国固有之物，为袁氏所摧残”[17]，主张维护。此后，他多次和孙中山一起参加会议：7月11日，出席黄兴为准备北上两院议员举行的饯行宴会；7月15日，出席驻沪粤籍议员的欢迎会；7月28日，出席孙中山招待中日两国人士的宴会。他大都“起立发言”，基本主张与孙中山尚相契合。8月，章太炎南赴肇庆，“视云阶”（岑春煊），更“出游南洋群岛，岁晚始归”。孙中山又致电黎元洪，认为章太炎“硕学卓识，不畏强御，古之良史，无以过之，为事择人，窃谓最当”，推举章为国史馆长[18]。
1917年3月，段祺瑞召集督军团在北京开会，商讨对德宣战。5月7日，国会讨论参战案；10日，段祺瑞组织“公民请愿团”等，包围国会，殴辱议员。章太炎与孙中山两次联名致电黎元洪，要求严惩“伪公民犯法乱纪之人”，“严惩暴徒主名”，“勿令势要从旁掣肘”[19]。6月7日，张勋率兵北上，与段派集议，电黎“调停须先解散国会”，孙、章联电陆荣廷等南方各省督军、省长，指出：“调停战争之人，即主张复辟之人；拥护元首之人，即主张废立之人。”“叛人秉政，则共和遗民必无噍类矣”[20]。又联名致电陈炯明：“国会为民国之命脉，调和乃绥寇之资粮。”“今者群益鸱张，叛形已著，黄陂（黎元洪）与之讲解，实同降伏”[21]。
7月1日，张勋复辟。3日，章太炎和海军总长程璧光等“集议孙公邸中”，“协议扫穴犁庭计划”[22]。接着，与孙中山、廖仲恺、朱执信、何香凝乘海琛舰由上海启程赴广州，于7月17日抵粤，当有人询以讨逆计划时，章即答以“余此次偕孙中山来粤，所抱之希望极大”，“讨逆之举，即为护法而起，惟不违法之人而后可以讨逆”[23]。永丰、同安、豫章三舰抵达黄埔，孙、章一起前往迎迓。广东各界开欢迎海军大会，孙中山、程璧光到会，章亦参加。9月1日，国会非常会议选举孙中山为中华民国军政府大元帅，章太炎任护法军政府秘书长，《大元帅就职宣言》就是章太炎起草的。《宣言》中说：“民国根本，扫地无余，犹幸共和大义，浃于人心，举国同声，誓歼元恶。”誓“与天下共击破坏共和者”[24]。此后，因护法军政府中派系斗争激烈，章“欲西行”，孙中山劝以“不当先去以失人望”，章太炎表示愿为军政府争取外援，到云南联络唐继尧。当他抵达昆明后，和孙中山函电往返，孙中山希望章太炎“时慰箴言”，劝唐继尧“即日宣布就元帅职”，“分兵东下”；章也多次向唐进言，促唐东下，但“唐终托故不出”。这段时间，章太炎是基本上追随孙中山，赞成护法的。
1919年，反帝反封建的五四运动爆发，人民革命运动日渐发展，章太炎的思想逆转了，由反对军阀割据逐渐演变为赞成军阀割据。1920年11月，湖南通电“湘省自治”，章太炎随即在北京《益世报》发表《联省自治虚置政府议》，认为“宜虚置中央政府”，“军政则分于各省督军”[25]。接着，又主张使“地方权重而中央权轻”，“各省自治为第一步，联省自治为第二步，联省政府为第三步”，还“必须以本省人充军民长官”[26]。这种“联省自治”说，和孙中山的统一主张背道而驰。1921年5月，孙中山在广州就任非常大总统职，章太炎以为“非法”，并以“联省自治不可反对为献”[27]。不久，孙中山决定北伐，章太炎担心“出湖南”要影响他心目中的“自治模范”。1922年6月，陈炯明叛变，章太炎和褚辅成联名电请孙中山“惠然来沪，赐以教言”[28]。8月15日，孙中山抵达上海，次日发表宣言，重申决心为共和而斗争，章太炎又“不肯先见”[29]。
1923年1月，孙中山在上海发表《和平统一宣言》，章太炎以为“统一利害，久处南方者自知。若谓借此以缓最高问题，则亦非计”[30]。1924年1月，国民党第一次全国代表大会在广州召开，通过宣言，接受了中国共产党所提出的反帝反封建主张，分析和批判了当时社会上流行的各种错误的、反动的政治流派，包括“联省自治派”，宣告取消不平等条约。孙中山又系统讲述三民主义，制定了联俄、联共、扶助农工的三大主张。10月，决定应冯玉祥的电邀，“即日北上”。章太炎对改组后的国民党很是不满，在国民党右派冯自由等的怂恿下，发出《护党救国宣言》，“冀以同盟旧人，重行集合团体”。不久，冯自由组织中国国民党同志俱乐部，章太炎也组织了辛亥革命同志俱乐部，再次背离孙中山，进而反对共产党。
不过，孙中山北上时，章太炎还“入谒为别，及孙公在宛平不预”，又“手疏医方”，嘱但焘“致之左右”[31]。1925年3月12日，孙中山不幸逝世，章太炎参加商讨治丧事宜，“主张在正式政府未成立以前，为纪念孙公之功勋起见，应由家属及人民以礼行葬，待正式政府成立，再追予国葬，以符孙公生前主张”[32]。并发表谈话，“三民主义为先生所首创”，“先生做事，抱定奋斗精神，坚苦卓绝，确为吾党健者”[33]。4月12日，上海举行追悼孙中山大会，壁间悬有章太炎的挽联：
孙郎使天下三分，当魏德萌芽，江表岂曾忘袭许；
南国本吾家旧物，怨灵修浩**，武关无故入盟秦。[34]
挽联尚有微词，而《祭孙公文》则称，“天生我公，为世铃铎，调律专壹，吐辞为矱”，颇为称誉。可知章太炎在孙中山逝世时，还没有“余恨犹在”“放言谩骂”。
以上可说是章、孙关系的第三时期，章太炎由参加孙中山的护法运动到西行联络唐继尧，由“联省自治”到反对孙中山的统一主张，由反对改组后的国民党到另组辛亥同志俱乐部。思想急剧倒退，“身衣学术的华衮，粹然成为儒宗”了。
章太炎和孙中山的关系，大体就是这样。
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