作为经学演化的一种形态，与理学形而上学相对的经学实证化趋向更内在地体现于治经方法；事实上，从理学到经学的变更，具体便是通过治经方法的转换而实现的。尽管清代考据学的研究对象没有离开传统的经典，但在研究方法上，又确乎与近代实证科学的方法呈现相近的走向。概括起来，清代考据学的治经方法包括以下几个方面。
面向本文与遍搜博讨 理学好谈性理而轻视名物训诂，为了论证一己之见，他们往往不惜曲解乃至擅改古代文献。对这种崇尚虚论的学风，清代学者深为不满。江声指出：“盖性理之学，纯是蹈空，无从捉摸。弟所厌闻也。”[20]这实际上代表了清代乾嘉学派的普遍看法。与蹈空的宋学相对，清儒以“通经博物”相尚，强调无证不信，论必有据。在经学考据中，所谓证和据，主要便与古代文献相联系。从字、词等考释的角度看，作为古字古词载体的古代文献属于具体的事实材料，以群经古本为研究的起点，也就是从经验领域的对象出发。
由注重文献材料，清代学者又进而反对以孤证立论。在清代学者看来，片面地执着某一方面的例证，必然会导致迷误：“偏举一隅，惑兹生焉。”[21]在训诂上，清儒每释一字，往往广搜群籍，博考百家。如王引之对虚词的诠诂，即以遍为搜讨为基础：“自九经三传及周秦西汉之书，凡助语之文，遍为搜讨。”[22]这里所说的遍为搜讨，即对所研究领域的相关对象逐一加以考察，不放过任何可能的反例。由此形成较为系统的、能反映事物全貌的材料，然后将这些材料综合起来加以参伍比较，得出结论。这种治学原则与任意挑选孤证的主观方法相对，体现了观察的全面性等要求。
与注重遍为搜讨相联系，清代学者注重考察的客观性。戴震指出：“凡学未至贯本末、彻精粗，徒以意衡量，就令载籍极博，犹所谓‘思而不学则殆’也。”[23]“贯本末、彻精粗”即全面的考察，“以意衡量”则是主观的臆测；清代学者肯定前者而拒斥后者，这就使遍为搜讨同时成为客观性的原则。从方法论上看，全面性原则与客观性原则具有内在的相通性：离开了对事物各个方面的系统研究，便很难提供一幅有关事物全貌的客观图景；全面考察所获得的材料如不能真实地反映对象的本来面目，则同样无法为把握事物提供可靠的基础。对经验事实的真实性、可靠性的如上注重，确实不同于性理之学的思辨趋向。
经验归纳与条理分析 通过遍搜博讨而广泛地占有材料之后，清代学者进而要求揭示其中的义例：“稽古之学，必确得古人之义例。执其正，穷其变，而后其说之也不诬。”[24]所谓义例，包括语言文字领域的条理通则以及古书的著述体例等。在清代学者看来，只有对丰富的事实材料反复推究，严加剖析，概括出一般的条例规则，才能把握纷繁复杂的具体现象。王引之在《经义述闻》末卷（三十二卷）中，即以前三十一卷中所搜集的资料为基础，通过缜密的比较分析而总结出若干条例，如“旁记之文误入正文则成衍文”“形近易误”等。清代学者正是通过这种概括而初步了解了古籍传抄过程中各种讹误产生的规律，从而使校勘工作有理可循。这里体现了一条重要的方法论原则，即经验材料只是认识的起点，实证研究不能停留于现象的观察，而必须从材料上升到义例，以揭示对象内在的规律性的联系。
与会通义例相辅相成的，是“一以贯之”：“不会通其例，一以贯之，只厌其胶葛重复而已耳，乌睹所谓经纬涂（途）径者哉。”[25]所谓一以贯之，即在一般义例通则的指导下，考察千差万别的特殊现象。如果说，会通其例主要是从个别到一般的归纳过程，那么，一以贯之则表现为从一般到个别的演绎过程，二者统一，构成了清代学者经学研究的重要特点。戴震对《水经注》的校勘，在这方面提供了较为典型的一例。
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