次年八月，另一位葡萄牙使臣阿方索（MartimAffonsodeMelloCoutinho）率领300余人分乘5艘军舰抵达广东。他来的目的是与中国谈判，并奉命在中国沿海建立据点。然而，此时防守广东的明军已经得令，凡见到悬挂葡萄牙旗帜的船只一律击毁。葡萄牙舰队航行至新会西草湾时与前来阻击的明军水师相遇，爆发了著名的西草湾之战。葡萄牙舰队面对汹涌的明朝军队，很快败下阵来。史料记载，明军“生擒别都卢、疏世利等四十二人，斩首三十五级，获其二舟”。明军将领还缴获葡军火炮，“官军得其炮，即名为佛郎机”，这些火炮后来被明军用于西北战场。另有数十名被明军俘虏的葡萄牙官兵被枭首示众。
经过屯门和西草湾两次交锋，葡萄牙人见识到了这个东方的大帝国与他们在非洲、印度和东南亚的对手都不同。论当时的国力，明帝国几乎可以与整个欧洲抗衡，仅在这个帝国边陲的广东省就驻有多达13万军队，比整个葡萄牙全国的军队还要多。明帝国全部军队的数量在120万左右，超过了葡萄牙全国人口的总和。[14]两次交战使葡萄牙人认识到了依照传统的扩张政策对付中国是行不通的。
与此同时，明政府的对外政策也发生了变化。葡萄牙人虽然不足以对明帝国构成威胁，但是他们庞大的舰船和先进的装备显示的力量还是不容小觑。此外，东南沿海海盗和倭寇也愈益猖獗。这些都促使明廷的海外政策更趋于保守。此后，对于一些来自东南亚国家的商船，明政府也盲目驱逐。这种排外的态度产生了严重的后果：一方面使有利可图的对外贸易几近中断，两广地区“番舶不至，公私皆窘”；另一方面促使走私贸易和海盗活动更加严重。
无法在中国建立商业据点的葡萄牙人加入了中国东南沿海的走私贸易和海盗活动的行列。嘉靖十九年（1540）前后，葡萄牙人与倭寇及中国海盗李光头、许栋等人勾结，在宁波的双屿建立据点，时常骚扰沿海的中国商人和百姓。嘉靖二十七年（1548），副都御史朱纨调遣都指挥卢镗、副使魏一恭等率兵进攻双屿，终于将他们一网打尽，烧毁营房，杀死俘虏了一大部分葡萄牙人。部分逃脱的葡萄牙人又转移到福建泉州的浯屿（今金门），联合海盗为祸漳、泉一带。嘉靖二十八年，朱纨和福建巡海道副使柯乔合力进攻浯屿，并在走马溪一带截住葡萄牙船队，予以重创，海盗头目李光头等96人被打死。由于葡萄牙人的为非作歹，明廷严令中国沿海居民不得与葡萄牙人贸易，禁止向他们提供给养。
在中国建立殖民据点的失败及在走私贸易中受到的打击使葡萄牙人彻底认清了明帝国的实力，为了继续开展对华贸易，他们彻底转变了态度。葡萄牙国王若奥三世给远东的葡萄牙人下达了新的对华指令，即“努力寻求和平与友好”。
二、澳门：出租的祖产
嘉靖三十二年，即1553年，一位葡萄牙的商人头目莱奥内尔·索萨（LeoneldeSousa）以谦恭的态度寻求与中国的贸易。经过友好的谈判，广东海道副使汪柏代表明政府同意了葡萄牙人的贸易请求。葡萄牙人还谎称商船遇到风暴，要借澳门曝晒货物，为了得到明政府同意，他们向汪柏行贿，获得准允上岸定居。
明朝政府对葡萄牙人态度的转变，一方面是由于葡萄牙的卑谦态度迎合了明朝统治者虚妄自大的心理[15]，另一方面也与当时明朝面对的内外环境有着必然的联系。1550年，北方蒙古铁骑突破长城，一路烧杀抢掠，发生了著名的“庚戌之变”。1553年，蒙古军队再次南下侵犯。与此同时，南方江浙、广东一带倭寇和海盗极其猖獗。在这种情况下，葡萄牙人以友好的态度开展对华关系对于明朝来说是有利而无害的，正如学者费成康所说：“在北起长城南至广东烽火遍地、危机四伏的险境中，有一股敌对势力主动愿意和解，广东官府直至明政府自然是极为欢迎的。”[16]而且，对外贸易的扩展还能带来一定的税收，对于财政吃紧的明廷来说具有很大的吸引力。
葡萄牙人还曾协助明政府抓捕海盗、镇压兵变。福建同安人林希元在《与翁见愚别驾书》中记载：“林剪（海盗）横行海上，官府不能治，彼则为我除之，二十年海盗，一日而尽，据此则佛郎机未尝为盗，且为我御盗；未尝害吾民，且有利于吾民也。”此事应发生在嘉靖二十六年（1547）前后，中葡联合剿灭了浙江双屿附近的海盗。嘉靖四十三年（1564），粤东柘林兵变，广州被围，总兵俞大猷曾派人联系澳门的葡萄牙人夹击叛军，“功成重赏其夷目”。万历年间，两广总督刘尧诲还曾联合居澳门的葡萄牙人夹击海盗林道乾，“赏赐银牌，花彩缎如礼，与我师并击”[17]。
葡萄牙人占据了澳门后，使之成为远东贸易的重要中转站和据点。《明史·佛郎机传》说：“自（朱）纨死，海禁复弛，佛郎机遂纵横海上无所忌。而其市香山澳、壕镜者，至筑室建城，雄踞海畔，若一国然，将吏不肖者反视为外府矣。”万历年间，明朝政府派官吏管理澳门，每年向葡萄牙人征收地租税金。在清朝末叶以前，葡萄牙人与中国政府基本维持了和平友好的关系，从主权上说，虽然他们定居澳门，但从未享有主权，其与中国政府是一种租赁关系。
澳门位居古代西太平洋海上贸易网的中心位置，在葡萄牙人的经营下，日渐成为远东贸易航路的中心。澳门至日本长崎、澳门至马尼拉、澳门至香料群岛的航线成为葡萄牙海上商业帝国的重要组成部分。当然，由于紧贴远东地区最大的市场和原料产地——中国，从澳门出发的商船装载最多的还是中国商品。澳门—马六甲—果阿—里斯本航线成为葡萄牙的经济命脉，这条航路全长19000多千米，几乎绕地球半圈。
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