把中国和东南亚纳入了葡萄牙海上商业帝国的链条后，在远东地区的最东方，还有一个文明国家——日本置于葡萄牙人的视线之外。由于中华文明兴盛较早，又处于丝绸之路的起点上，因而，欧洲人对中国的了解较多，对于日本，他们仅仅从马可·波罗等人的描绘中略知一二。在与中国人和中国东南沿海的日本海盗的接触中，葡萄牙人开始越来越多地了解这个古老的国度。
一、战国时代的日本
15—16世纪的日本处于室町幕府末期的战国混乱时代。1467年，日本发生“应仁之乱”，成为日本历史的重要拐点，开启了日本的战国时代。这一事件缘于幕府将军的嗣位问题。
1464年，幕府将军足利义政无嗣，让其弟、僧人足利义寻还俗，改名为足利义视，以待日后继位。足利义视由幕府重臣细川胜元作为保护人。出乎意料的是，第二年，足利义政的妻子日野富子怀孕，生下了足利义尚。这一突发事件埋下了重大的隐患。足利义政想要反悔，立自己的儿子足利义尚为继承人，并将他托付给另一重臣山名持丰。细川胜元和山名持丰都是实力雄厚的守护大名，两大集团在应仁元年因嗣位问题爆发激战。日本政治中心京都在战火中化为焦土。此后，幕府形成了东西对峙局面，直到1477年，才结束争斗。“应仁之乱”结束后，室町幕府的统一已经名存实亡。守护大名各自为政，互相争伐，不服幕府召令。1493年又发生了“明应之变”，将军足利义材被细川氏联合京都势力罢免，幕府威信丧失殆尽。
室町幕府的衰落一方面促使了各地守护大名的纷争与战乱，另一方面也大大冲击了传统的日本封建社会结构。日本各地兴起了许多工商业城镇，同时，作为封建体系末端的武士阶层也开始瓦解，特别是在西南沿海地带形成了一股极强的“无序力量”[18]。其中一些人从事有利可图的海外贸易，与东南亚、中国进行商业交往；另一些人则来到中国东南沿海从事劫掠活动，形成明代最头疼的“倭患”。
日本战国时代一直延续到1603年[19]，德川幕府建立才算正式结束。值得一提的是，江户幕府的创建者、日后将统一日本的德川家康就是在葡萄牙人第一次意外闯入日本的这一年（1543）出世的。
德川幕府的创建者德川家康（1543—1616）
二、东西航路全线贯通
葡萄牙人对日本的了解主要是从中国人的口中得知的。根据多默·皮列士的记载：“据中国人说，日本岛比琉球岛更大，其国王更有权势和强大，并且不喜欢做生意，他的子民也不喜欢。他是一位异教国王，中国国王的藩属。他们不常去中国做生意，因为距离远，他们又没有船只，也不是航海的人。”[20]这便是葡萄牙人在到达日本之前的印象。
与大航海时代许多重大的地理发现一样，风暴虽然有时制造灾难，夺人性命，却也会在适当时机，给人带来意想不到的收获。1543年，一艘从暹罗（今泰国）出发到中国浙江的葡萄牙船只遇上了台风，被吹离了航线。这艘船在海上漂流，一直漂到日本鹿儿岛县南边的种子岛。这艘船上的葡萄牙人因此成为有史以来第一批到达日本的葡萄牙人，向西方揭开了这个东方民族的神秘面纱。
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