关于葡萄牙人首次到达日本的情况，南浦文之《铁炮记》记载：“船客百余人，其貌无类，语言不通，见进皆怪之。”[21]船上还载有一名被称为“儒生”的中国人，其名为“五峰”。根据史料显示，这位所谓的中国“儒生”很可能就是明代最著名的海盗头目王直[22]。那么这艘葡萄牙船很可能是与中国海盗勾结从事走私贸易的商船。种子岛当地的村主织部丞闻讯后赶到海边，与“五峰”进行了交流。虽然两国语言也不相通，但当时的日本人长期受中国文化影响，熟悉中国文字。两人在沙滩上用木杖进行笔谈。日本人了解情况后，通知了种子岛的领主时尧。时尧派数十条小船将葡萄牙大船拖到赤尾木港进行休整。“五峰”代表葡萄牙人与当地一位精通汉语的僧侣进行了更为深入的交谈，日本人了解到他们是来自西南的“蛮种”。
日本人长期仰中华文明鼻息，虽然在文明的征程中步履维艰，但却是个实实在在的爱好学习的民族。岛民对葡萄牙人的鸟铳非常感兴趣，“内有两人手执‘铁炮’，试之，果然异于凡响”。领主时尧花费重金“求为家珍”。日本人还学会了鸟铳使用之法，成为日本人虚心学习西方文化之肇始。葡萄牙人离开后，时尧命令工匠八板金兵卫仿制，但是未能成功。次年，又一支葡萄牙人被台风吹到种子岛附近，时尧的工匠八板金兵卫立即登船求教。为了讨好葡萄牙工匠，他还答应将女儿许配于葡萄牙人，最终学会了制铳技术。此后，这一技术迅速在日本全国传播，成为战国时代日本大名相互争伐的利器。在今天种子岛最南端的门仓崎还立有一块“步枪传来记功碑”。
此后，葡萄牙人时常航行至日本，成为西部大名们重要的贸易伙伴。长崎港日渐成为日本对葡萄牙贸易的中心。葡日贸易的航路，主要是经由福建的漳州和浙江的宁波至长崎。葡萄牙人往来于澳门和长崎之间，用中国的生丝与纺织品换取日本的金银，获利颇丰，成为葡萄牙海上商业航路中的重要支线。根据史料，在17世纪初，葡萄牙商船每年从日本输出白银超过100万金币，而每年输出的黄金也至少在60吨以上。[23]当然，日本西南诸大名也从葡日贸易中获得了很大利益。他们一方面购进葡萄牙人的火器，并借葡萄牙人从中国、印度等地进口大量货品；另一方面也出口本国的产品，如漆制品、和服、刀矛等，获利也相当可观。
日本被纳入葡萄牙海上贸易网后，葡萄牙人的太平洋贸易网形成了。这个网络中有一条主航路，即马六甲—澳门—长崎航路。这三个港口又同时向周边辐射，形成贸易网。其中，马六甲是东南亚的商业中心，澳门则是中国商品的集散地，长崎则是日本的对外贸易中心。这样，从葡萄牙本土到日本，一条沟通亚欧大陆最西端和最东端的贸易航线全面贯通。
从西欧跨越大西洋、印度洋和太平洋至远东的这条航路的主角是葡萄牙大商帆。这种大商帆可载重600吨以上，它们从葡萄牙港口出发，装载着毛织品、水晶、玻璃制品、钟表、葡萄酒、红布等，沿着非洲西海岸南下，绕过好望角前往印度的果阿、柯钦等地。在印度期间，他们进行贸易，用船上的部分商品换取印度的棉布等，然后在每年四、五月间起航前往马六甲港。在马六甲，他们再次进行贸易，装载上来自东南亚各地的香料、鹿皮、檀木等，然后驶往澳门。在澳门，葡萄牙人会停留1年左右，用于同中国进行贸易，装载上丝绸、瓷器等商品。次年6月至8月，他们乘上西南季风，前往日本九州。在日本九州的长崎等地装载大量金银、漆器等，再于10月底左右乘东北季风返航。然后，葡萄牙商船再进行一次路线基本相同的返程贸易：将从日本带来的货物和部分金银换取中国的丝货、瓷器等，再经马六甲，装载大量香料后前往印度，在印度装满商品后返回葡萄牙。这样的贸易往返一次约需3年时间，获利极丰，一次可达15万～20万杜卡特金币[24]。
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