嘉庆元年正月，白莲教徒揭出“官逼民反”口号，聂杰人、张正谟、姚之富、齐王氏（齐林妻）等起兵荆州、襄阳，孙士凤、徐天德、王三槐、冷天禄等起兵四川，张士龙、张汉潮、张天伦等起兵陕西。各路行军，大抵不整队，不迎战，不走平原，数百人一群，忽分忽合，忽南忽北，避实攻虚，使清军疲于奔命。
清军将帅有总统（最高指挥官）、总督、将军、巡抚、总兵多人，无不畏缩观望（如总统永保只尾追不迎击，河南巡抚景安诨号迎送伯），残杀冒功（如四川总督福宁诱降人二千入城领衣粮，悉数杀死，奏报战功；襄阳道员胡齐仑杀难民二百，冒功领赏），克扣军饷（如倭什布检查胡齐仑支放军需簿，发觉湖广总督毕沅、总统永保吞赃尤多）。颙琰逮总统勒保治罪上谕说，军营保奏，大半亲随私人，兵勇钱粮，并不按期发给，至令兵士饥饿赤足，形同乞丐。“纵兵殃民”（洪亮吉平邪教奏），“军纪废弛，地方受害，甚于盗贼”（四川合州知州龚景瀚奏）。颙琰见“贼愈剿而愈炽（盛），饷愈靡而罔（无）益”，大怒治诸大帅罪，下诏道：“永保（总统）纵（放）贼湖北，景安（巡抚）纵贼河南，宜绵（总统）秦承恩（巡抚）纵贼陕西，英善（总督）、勒保（总督）纵贼四川，惠龄（巡抚）纵贼渡汉江，除景安、永保处死刑外，其余各按轻重治罪。”
大批满洲将帅斥逐以后，清军形势渐有转机。颙琰兼用绿营将领杨遇春、杨芳一类人，才能远在满洲大帅上，白莲军首领多被捕杀，军力渐趋衰弱。颙琰又利用乡勇（地主武装）罗思举（大盗出身）、桂涵（流氓出身）一类人，熟悉地势敌情，凶悍远在官兵上。白莲军屡遭猛击，军力益趋危境。颙琰又采用襄阳绅士梁有谷等筑堡（碉堡）团守（民团）法，令各省广筑碉堡，厉行驱民入堡，坚壁清野，绅士督率民团守堡防堵，官兵乡勇追敌猛击，白莲军流动地区逐渐缩小，衣食匮乏，军力更不能支。颙琰又宣布“但治从逆，不治从教”诱降策，白莲军最后不得不战败溃灭。
嘉庆元年正月白莲军起事，五年六月，教主刘之协被捕。九年九月，白莲军败灭。清军杀白莲教徒及平民数十万人，用军费二万万两。
乡勇建立了大功，却招清朝的畏忌。陕西总督长麟奏称：“团练（乡勇）在今天有用，在将来有大害。因为民气从此强悍，不免聚众斗争，抗官拒捕，不可不及早遏止。请速派委员，稽查兵器，拆毁堡寨。”颙琰从长麟议，收回民间兵器，又设立寨首，仿保甲法，约束民户，防御寇盗，有些堡寨得暂留不毁。
（五）天理教起义
天理教是白莲教的一个支派。白莲教支派有虎尾鞭、义和拳、红砖社、八卦、荣华、红阳、白易等名目，其中八卦教又名天理会，教徒最众，遍布直隶、河南、山东、山西等省。教众奉“真空家乡，无生父母”为八字真诀，日夜拜神念诵。入教日例纳钱财，称为种福钱，又称根基钱。嘉庆中期，八卦教每卦教首是：乾卦张廷举，山东定陶县人；坤卦邱玉，山西岳阳县（安泽）人；震卦李文成，河南滑县人；巽卦程百岳，山东武城县人；民卦郭泗湖，河南虞城县人；兑卦侯国龙，山西岳阳县人；坎卦林清，顺天府大兴县（河北大兴县）人；离卦张景文，山东城武县人。震卦最贵，七卦都听震卦教首命令。李文成统管八卦，兼掌九宫（八卦分为八方，加中央成九宫），有徒众数万人。
李文成世居滑县谢家庄，幼年学木工，人呼为李四木匠。文成羞怒，弃业投书塾习书算，善能发疑问，与塾师辩难，塾师怒驱文成出塾。文成专心研究算学，并习占验（看天象吉凶）星命（推算祸福）术，颇得民众尊信。当时河南流行“若要红花开，须待严霜来”的谣谚，文成收聚无赖亡命，自号严霜十八子（“李”字隐语为“十八子”），入震卦教，受推为教首。文成聚根基钱买战马，练士兵，造甲仗，定旗号，约期举事。
林清，大兴县黄村宋家庄人，幼年当药店学徒，性无赖并生恶疮，被店主斥逐。清贫困投充衙役，善能谈说收贿，得钱结交朋友，毫不吝惜。后来犯罪逃匿，入天理会坎卦，受推为教首。清宣称教众纳根基钱，日后事成，十倍偿还，凡纳一百钱，得分地一顷。远近农民踊跃纳钱，清悉数救济贫困，养活万余家。李文成见林清口才出众，大喜，共推林清为天皇，冯克善（有勇力）为地皇，李文成为人皇。约定成功后，清得直隶，文成得河南，克善得山东，会众各依志愿得分割土地。
嘉庆十七年正月，天理会教徒集道口镇（河南滑县）大会。李文成在滑县设人皇府，立大旗，上书“大明天顺李真主”七字。军师牛亮臣（滑县犯罪书吏）、大元帅宋元成佐理军务，部属不得军师令，不敢入府议事，文成也很少召见众人。李文成推算天命，定酉年（十八年癸酉）戌月（九月）寅日（十五日戊寅）午时起事。称九月以后为白洋劫，山西为洋头，河南为洋腹，山东为洋尾，依次序用兵攻取。教首发给徒众白布小旗各一幅，起事日插门上，可免杀戮，不插旗的人家，屠杀不赦，免杀徒众又分三等待遇。造口诀道：“位列上中下，才分天地人，五行生父子，八卦定君臣。”经卷（白莲教及各支派都杂采佛道两教神话，造经卷画像）中有“专等北水归汉帝，大地乾坤只一传”语，意思是说坎卦林清（坎是水卦。林清自称姓刘）在北方起事，乾隆的天下只一传嘉庆就完了。
林清结交内监刘金、刘得才、杨进忠、阎进喜等，定计乘颙琰巡游木兰（热河围场县），袭据北京。九月十五日，密令内监分路引徒党二百人进攻皇宫，林清留黄村，等待李文成大军来援。二百人攻皇宫，无疑是失败的。颙琰闻警，自热河驰回，捕林清等磔死。
李文成在滑县大造器械，被巡检（近乎区长那样的小官，从九品）刘斌、知县强克捷发觉，捕文成击断足胫。教徒知密谋败露，九月七日，聚众三千人攻破滑县，救出文成。直隶省长垣、东明，山东省曹、定陶、金乡等县教徒同时响应。李文成据滑县及道口镇，出兵围浚县。颙琰急调固原（甘肃固原县）提督杨遇春、总兵杨芳平乱。遇春破道口，烧杀万余人。进围滑县，城中人死守，无一人肯做内应，李文成率四千人逃入辉县（河南辉县）山中，兵败自焚死。十二月十日，杨芳用火药轰毁城西南角，巷战一昼夜，屠杀二万余人。李文成妻张氏道：“城亡我同亡，不死不是英雄。”挥刀巷战，杀清兵数人，归家自缢死，滑县平。
（六）新疆回民起义
清文武官吏在新疆虐待回民，比虐待内地汉民尤甚。嘉庆二十五年，回民拥酋长张格尔起兵攻喀什噶尔（新疆疏勒县）边境。道光六年，张格尔攻破喀什噶尔城，杀守兵六千人，附近回民群起响应，杀官吏，毁城堡，助张格尔反清。七年旻宁命将军长龄、提督杨遇春、杨芳率兵三万攻喀什噶尔。张格尔率回军列阵二十里迎战。杨遇春猛冲敌阵，回军大溃，二杨追击，擒获张格尔，囚送北京。旻宁登午门行受俘礼。大臣怕张格尔陈说新疆吏治的弊恶，先灌其毒药，使不能发言。受俘那一天，张格尔口角吐沫，情状极苦，旻宁问话，全不回答。旻宁怒，令寸裂饲狗，百官称颂为“圣朝盛事”。
张格尔败后，回民反抗并不停止。新疆在清朝总是**着，不断演出满、汉、回三族互相残杀的惨剧，受痛苦最大的自然是回民。
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