在三公九卿制下，丞相只有一个，协助天子处理全国政事，会有相对独立的决策、审议和行政大权。
而各地州牧以及其下辖的郡守，在当地，也会有独立的决策、审议和行政大权。
在这种制度下，中央集权将十分困难，对皇权的巩固，也会有极大威胁。
这也是如今，大济分崩离析，世家当道，各地州牧各自为政，不听中央朝廷调令的根本原因。
而在三省六部制下，则会有效杜绝这方面的隐忧。
三省的长官都是宰相，彼此的分工，会使相权一分为三，这就会大大的削弱相权，也削弱各地州牧以及郡守的权柄。
若说三公九卿制，使专制集权建立并趋向巩固，那采用三省六部制，则可使专制集权步向完善。
所以，林知皇想改革摒除三公九卿制，用三省六部制，治理掌下之地。
改制的事，林知皇与手下的几名心腹从属，已商讨日久，只待时机成熟，便会开始真正的颁布实行。
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