与总理衙门关系密切的机构有总税务司和同文馆。总税务司成立于咸丰十一年，管理全部海关事务，这一职位长期由英国人担任。同文馆于同治元年（1862）在京师设立，是培养外国语言文字、科学技术人才的学校。此外，总理衙门对南洋通商事务大臣（两江总督兼）、北洋通商事务大臣（直隶总督兼）也有备顾问、代传达的关系。
咸丰十一年七月（1861年8月），咸丰帝在热河病死，其子载淳继位。
载淳年幼，遗诏任命怡亲王载垣、郑亲王端华、户部尚书肃顺等八人为“赞襄政务王大臣”，总摄朝政。载淳的生母那拉氏，被尊为慈禧皇太后。皇后钮祜禄氏，被尊为慈安皇太后。慈禧太后是一个有极强烈的权力**，力图取得最高统治权力的人物。但她的野心遭到载垣等人的阻挠。她与慈安太后密谋铲除载垣等赞襄政务王大臣，并与外国侵略者所支持的奕相勾结，拉拢握有兵权的胜保等人。
咸丰十一年九月二十九日（1861年11月1日），慈禧、慈安太后带着载淳由热河回到北京。次日，大学士贾祯、周祖培、户部尚书沈兆霖、刑部尚书赵光等在奕的暗示下，上奏折“请皇太后亲操政权”。此前，御史董元醇、兵部侍郎胜保曾先后上折，奏请两太后“垂帘听政”，制造舆论。慈禧、慈安太后即以贾祯等人的奏请为由，接连发出四道上谕，解除赞襄政务王大臣任，派奕等会议皇太后垂帘听政事宜，将载垣、端华、肃顺等革职拿问。十月初一日（11月3日），又接连发出上谕，授恭亲王奕为议政王、在军机处行走、宗人府宗令，大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝洹⒒Р孔笫汤晌南樵诰蟪忌闲凶撸桦退律偾洳茇褂⒃诰蟪忌涎靶凶摺Ｋ婧螅褥蟮妊杆俨渡绷嗽卦⒍嘶⑺嗨常溆辔宕蟪几镏爸巫铮卦热四舛ǖ幕实勰旰拧办飨椤备奈巴巍薄４褥蠖崛×耸导实淖罡咄持稳āＵ獗闶恰靶劣险变”（咸丰十一年为辛酉年），或称“祺祥政变”、“北京政变”?
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